كشف تقرير للجهاز المركزي للمحاسبات عن مخالفات مالية وإدارية كبيرة بالجامعة المصرية اليابانية وتصل قيمة المخالفات إلي 72 مليون جنيه رغم أن عدد طلابها عشرات الطلاب فقط. وأشار التقرير إلي أن رئيس الجامعة أسند اعمالا بالأمر المباشر من أثاثات وتجهيزات عمارات وأصناف لا تحتاجها الجامعة مثل النجف والنيش لغرف السفرة بلغ ما تم حصره 2.5 مليون جنيه. وانتقد التقرير المغالاة في مصروفات الدعاية والإعلانات الخاصة بمناقصات إنشاءات والضيافة والسفر للخارج والإعلان عن وظائف والاسهاب في تفاصيل كان يمكن تجنب بعضها مما ترتب عليه تحميل موازنة الجامعة بلغ ما أمكن حصره في 4 شهور 350 ألف جنيه من بينها 271 ألفا و663 جنيها قيمة إعلانات في جريدة الأهرام في ديسمبر 2010 . كما تحملت الجامعة مصروفات بقيمة استضافات وتذاكر سفر للسعودية ذهابا وإيابا بدرجة رجال أعمال لأحد المرشحين لمنصب رئيس الجامعة وبناء علي تعليمات من د.يسري الجمل وزير التعليم الاسبق، كما بلغت قيمة مكافأة اجتماع مجلس الأمناء الواحد الذي لا يتجاوز بضع ساعات نحو 28 ألف جنيه بمخصص مالي لكل شخص 5600 جنيه. وانتقد التقرير صرف 162 ألف جنيه هدايا فضية لافتتاح الجامعة ووضع حجر الاساس ب163 ألف جنيه وهذا بالاضافة إلي تخصيص 4.420 مليون جنيه لوسائل النقل وشراء أتوبيسات للجامعة إلا أن الجامعة أنفقت المبالغ في إيجار أتوبيسات بدلا من الشراء. وتعاقد الجامعة علي استئجار سيارة ملاكي اسكودا أوكتافيا موديل 2010 لمدة عام بواقع 8 آلاف جنيه شهريا بالامر المباشر علي الرغم من أن قيمة شرائها 150 ألف جنيه واستئجار 3 ميكروباص ب30 ألف جنيه شهريا. كما لاحظ التقرير أنه ورد للجامعة بعض الاجهزة والمعدات لم يتم حصرها واضافتها لدفاتر عهدة مخازن الجامعة ولم يتم تضيمنها لحساب الاصول بلغت 3 ملايين و370 ألف جنيه. وكشف أن الحكومة اليابانية أهدت الجامعة 64 مليونا لإقامة محطة توليد كهرباء لم تنفذ مما يهدد بسحب قيمة المنحة.
