محمد الظواهرى سمح قاضى " تنظيم الظواهرى" للمتهم الاول محمد الظواهرى بالخروج من القفص الزجاجى والحديث إلى هيئة المحكمة والذى تحدث قائلا" أنا واثق من براءتى ولا أريد أن أعطل المحكمة ، وإنما أريد أن أطالب بالعدل". وطالب محمد الظواهرى من المحكمة إرسالهم لنيابة جنوبالقاهرة للتحقيق فى منعهم من الزيارة الاعتيادية والاستئثنائية بالسجون ، وطالب بإخلاء سبيلهم وان تتم محاكمتهم من الخارج بسبب سوء معاملتهم بالسجون وتعرضهم للتعذيب. وتابع الظواهرى أنه لا يخشى المحكمة ولا يخشى إلا الله، مضيفًا انه مفتش مباحث السجن هدد محاميه أمامه قائلا " أنا حبست 13 محامى وعاوز البسك البدلة الزرقاء ". وأردف قائلا " إزاى دفاعى يتكلم عنى وأنا مش بشوفه أصلا، أنا مش عايز أحضر المحاكمات وخلينى بره وأحكم الحكم اللى انت عاوزه فأنا بعتبر غير موجود فى هذا القفص الزجاجى الذى يعزلنا عن المحكمة والدفاع ، ومن حق اى متهم أن يرد المحكمة والنيابة مش عيب ولا إساءة للمحكمة ولكن كل متهم يقول الحقونى تقوم المحكمة بتحريك دعوى جنائية ضده ، فده حرام طبعا ، وطالب الظواهرى من المحكمة ان تسمح له بالدفاع عن نفسه . ثم عاتب الظواهرى قاضى الجلسة قائلا " حضرتك قلت عليا الامير ولو حضرتك تقصد المعنى فهذا يعتبر بناء عقيدة ويقين ضدى وإن قلت هذا كا نوع من المزاح فأنا أقبل المزاح ، كما قلت من قبل فى جلسة أخرى على " ياأيمن " وايمن هذا شقيقى ، والقاضى يعقب عليه قائلا " لم أقل ولم يحدث هذا " وذلك اثناء نظر محكمة جنايات جنوبالقاهرة، برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى والمنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطره اليوم الاحد ، جلسة محاكمة محمد ربيع الظواهرى، شقيق أيمن الظواهرى زعيم تنظيم القاعدة، و67 آخرين فى قضية اتهامهم بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابى يرتبط بتنظيم القاعدة، يستهدف منشآت الدولة وقواتها المسلحة وجهاز الشرطة والمواطنين الأقباط، بأعمال إرهابية بغية نشر الفوضى وتعريض أمن المجتمع للخطر . كانت التحقيقات فى القضية، باشرتها نيابة أمن الدولة العليا برئاسة المستشار تامر فرجانى المحامى العام الأول للنيابة، وفريق من محققى النيابة بإشراف المستشار خالد ضياء المحامى العام بالنيابة، وتم فى ختام التحقيقات عرضها على النائب العام المستشار هشام بركات الذى أصدر قراره بإحالة القضية لمحكمة الجنايات مطلع شهر أبريل الماضى. وتضمن قرار الاتهام الصادر فى القضية استمرار حبس 50 متهمًا بصورة احتياطية على ذمة القضية، والأمر بضبط وإحضار 18 متهمًا هاربا وحبسهم احتياطيا على ذمة القضية.