لم يقتصر عشق قداسة البابا شنودة الثالث بابا الأسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية لدير الأنبا بيشوى بوادى النطرون الدير الذي قضى فيه فترة رهبنته ،والذى كان يلجأ اليه فى فترات اعتكافه او عندما يريد الاحتجاج على امر ما يثير غضبه على فترة حياته ،ولكنه أوصى بأن يرقد جثمانه فى الدير المقدس فهذا المكان له مكانة كبيرة فى قلب البابا شنودة وليس ادل على ذلك من وصيته التى تركها قبل وفاته بان يتم دفنه فى دير الانبا بيشوى ويتميز وادى النطرون بصفائه الروحي وبعده عن الصخب. كما يستمد قُدسية خاصة في المسيحية بسبب مباركة المسيح عليه السلام للمكان وهو طفل وأمه مريم أثناء رحلتهما إلى مصر هرباً من بطش الرومان وطلبًا للأمان وادي النطرون يقع فى قلب الصحراء على بعد 14 كم من طريق القاهرة – الإسكندرية الصحراوي وهو يتبع إداريًا محافظة البحيرة، وتحيطه أرض قاحلة من جميع الجهات. وبظهور الرهبانية في مصر، ظهرت أهمية الوادي، خاصة مع تبلور هذا النظام القائم على الاعتكاف والزهد في الحياة الدنيا، فكانت أديرة الوادي علامة على تاريخ الرهبنة، ليس في مصر وحدها، بل في العالم أيضا. ترجع تسمية الوادي باسم «وادي النطرون» إلى بحيرات ملح النطرون المنتشرة فيه، وعددها 8 بحيرات، تستخرج منها الصودا، ويطلق عليه بالقبطية «شيهيت»، أي «ميزان القلب»، أو «هابيب»، أي الغائر للكثير، وباليونانية «اسكيتيس»، أي النساك، وبالبطلمي «سخت همام»، أي وادي الملح. في الطريق المقفر ل «ميزان القلب» ترشدك لافتات عديدة للأديرة الأربعة التي تضمها بوابة ضخمة عليها صورة للسيدة العذراء والسيد المسيح. والأديرة هي: «دير الأنبا مقار، ودير الأنبا بيشوي، ودير السُريان، ودير البراموس ويعود إنشاء دير الأنبا بيشوي في بداياته الأولى كتجمع رهباني بقيادة الأنبا بيشوي إلى أواخر القرن الرابع الميلادي، وعاصر بناؤه القديس مقار الكبير. وكان آنذاك عبارة عن مجموعة قلالي (وهي مساكن الرهبان) وكنيسة في الوسط تحيط بالمغارة الصخرية التي عاش فيها الأنبا بيشوي وذلك دون بناء أسوار. وقد دُمرت هذه الكنيسة في القرن الخامس الميلادي بسبب غارة على الأديرة من الليبيين البدو عام 407 م. وعلى الرغم من إعادة بناءها؛ إلا أنها دُمرت مرة أخرى في الغارتين التاليتين عامي 434 و444 م. ولقد تعرض أيضاً هذا الدير للتخريب أثناء غارة رابعة للبربر قرب نهاية القرن السادس الميلادي، على التجمعات الرهبانية بوادي النطرون، وكانت مبانيه الأساسية آنذاك هي الكنيسة والحصن. وقد أعيد بناؤهما في عهد البابا بنيامين الأول عام 645 م. وفي عام 817 م، تخرب الدير مرة أخرى أثناء غارة البربر الخامسة، ولكن تم تعميره وإصلاحه في عهد البابا يعقوب الأول، وأكل تعميره البابا يوساب الأول وأعاد أجساد القديسين الأنبا بيشوي والأنبا بولا الطموهي إلى الدير،كما أعاد بناء الكنيسة والدير بصفة عامة. لذا؛ فإن المبنى الرئيسي لكنيسة الدير الرئيسية الحالية يرجع إلى عام 840 م ثم تعرض الدير لغزو البربر في عام 1319 م،وتم ترميم الدير في عهد البابا بنيامين الثاني، وقد دفن في الجهة القبلية بالكنيسة الكبرى بالدير. وقد زار الدير عدد من الرحالة والمؤرخين الذين كتبوا عنه، أمثال المقريزي في القرن الخامس عشر الميلادي، وقد قال عنه أنه: كبير جدًا، ولكن لا يوجد شيء على حالته واخيرا قام البابا شنودة الثالث بحركة تجديد واسعة للدير، فقد أمر بتجديد القلالي، وأعاد ترميم بئر الماء الذي غسل فيه البربر سيوفهم بعد أن قتلوا شيوخ شهيت التسعة والأربعون، كما أضاف للدير قرابة 300 فداناً من الصحراء المحيطة به لأجل استصلاحها، بالإضافة إلى القلاية البطريركية الخاصة به، وأمر كذلك بإدخال الكهرباء للدير يُذكر أنه قد تم طبخ وإعداد زيت الميرون في الدير خمس مرات من سبعة في عهده، وذلك في أعوام 1981، 1987، 1990، 1995، 2008 م في عهده، لتوزيعه على الكنائس القبطية في مصر وخارجها.
