إرتبطت أديرة وادى النطرون الثلاثة بحياة البابا شنوده الثالث الذى توفى أمس الأول عن عمر يناهز 89 عاما . رغم انها أنشأت منذ 1700 عاما إلا أن معظم المصريين لا يتذكرون منها إلا العقود الستة الأخيرة والتى خلال هذه السنوات عاش البابا 117 معتكفا ومحدد الإقامة و"غاضبا" فى دير وادى النطرون،ثم وصيته الأخيرة بأن يدفن فيه بجوار سلفه البابا كرلس السادس. فى 18 يوليو سنة 1954 رسم الاستاذ نظير جيد الخادم بكنيسة الأنبا أنطونيوس بشبرا مصرا راهبا فى دير السريان بإسم الراهب أنطونيوس السريانى، وخلال فترة رهبنته تنقل فى مناصب كنسية فى فترة ولاية البابا كرلس السادس ، منها رئاسة الكلية الإكريلكية ، وأسقفا عاما للشباب حتى أختير بطريركا للأقباط فى 13 أكتوبر 1971 ، ولكنه عاد إلي نفس الدير محدد الإقامة فى سبتمبر 1981 بقرار من الرئيس الراحل أنور السادات الى أن تولى الرئيس المخلوع حسنى مبارك الحكم وألغى قرار تحديد الإقامة وعودة البابا إلى القاهرة فى 1984، لكنه عاد وادى النطرون معتكفا فى 2005 إثر حادثة إختفاء وفاء قسطنطين زوجة أحد كهنة البحيرة وإستمر معتكفا لمدة شهرين . أما عن أديرة النطرون الثلاثة فهى دير الأنبا بيشوى وتم بنائه فى القرن الرابع وعاصر بناءه القديس مقار الكبير وكان عبارة عن مجموعة من قلالى الرهبان ، وكنيسة في الوسط تحيط بالمغارة الصخرية التي عاش فيها الأنبا بيشوي وقد دُمرت هذه الكنيسة في القرن الخامس الميلادي بسبب غارة على الأديرة من الليبيين البدو عام 407 م. وعلى الرغم من إعادة بناءها؛ إلا أنها دُمرت مرة أخرى في الغارتين التاليتين عامي 434 و444 و تعرض أيضاً هذا الدير للتخريب أثناء غارة رابعة للبربر قرب نهاية القرن السادس الميلادي، ولم تتوقف غارات البربر على الدير وهدمه. وفي عهد البابا شنودة الثالث،تمت حركة تجديد واسعة للدير، حيث أمر البابا بتجديد القلالي وأعاد ترميم بئر الماء الذي غسل فيه البربر سيوفهم بعد أن قتلوا شيوخ "شهيت" التسعة والأربعون، كما أضاف للدير قرابة 300 فدان من الصحراء المحيطة به لأجل استصلاحها، بالإضافة إلى القلاية البطريركية الخاصة به، وأمر كذلك بإدخال الكهرباء للدير. يُذكر أنه قد تم طبخ وإعداد زيت الميرون في الدير خمس مرات من سبعة في عهده، وذلك في أعوام 1981، 1987، 1990، 1995، 2008 م ، لتوزيعه على الكنائس القبطية في مصر وخارجها. أما الثانى فهو دير البراموس يقع غرب ملاحات وادى النطرون في بقعة أشتهرت في الأزمنة القديمة باسم نتريا.وبالدير خمسة كنائس أثرية - وهو ملئ بالأيقونات الأثرية ذات الطابع الفنى الفريد. يمثل القسم القديم الحصن أربعة كنائس بالإضافة إلى بعض المخازن اما القسم الثانى الحديث نسبياً فيضم كنيسة يوحنا المعمدان وقصر الضيافة الجديد ومكتبة ومخبز بالإضافة إلى مدفن الرهبان (الطافوس)وويحتفظ هذا الدير برفات اثنين من مشاهير الرهبان. والدير الثالث تمت إعادة بنائه بعد أن كاد ينهار سنة 1998 واقترن منذ ذلك الحين بمقبرة البلدة التي انشأت بالقرب من الدير.
