نسب هذا المسجد إلى الشيخ الصالح حسين أبى على.. المكنى بأبى العلا. الولى المعتقد.. صاحب الكرامات والمكاشفات على ما يصفه به الصوفيون الذين أطنبو وبالغوا فى كرماته. سكن هذا الشيخ فى خلوة بزاوية بالقرب من النيل فى القرن التاسع الهجرى (الخامس الميلادى). وكان للناس فيه اعتقاد. فكثر مريدوه ومعتقدوه. وكان من بينهم التاجر الكبير الخواجه نور الدين على ابن المرحوم محمد بن القنيش البرلسى. فطلب منه الشيخ أن يجدد زاويته وخلوته التى كان يتعبد فيها. فصدع بالأمر وأنشأ هذا المسجد. وألحق به قبة دفن فيها الشيخ أبو العلا حينما توفى سنة 890ه 1486م. أنشئ المسجد فى هذا الزمان وهو عصر ازدهرت فيه العمارة الإسلامية. والغالب فى تصميمه وقتها أنه كان على طراز مدرسة ذات الأربعة إيوانات متعامدة غنية بالنقوش والكتابات. كماتنبئ بقاياها القديمة. وتنحصر فى الباب البحرى مع قسم من الوجهة البحرية والشرقية والقبة والمنارة والمنبر والباب العمومى له مبنى من الحجر ومكتوب عليه قوله تعالى «وما تفعلوا من خير. فان الله به عليم». وقد بدأت الكتابة التاريخية بالوجهة على يسار الباب. وامتدت إلى وجهة القبة. ومع الأسف تشوه وفقد اكثرها.. ويقرأ منها الآن «أنشأ هذه المدرسة المباركة من فضل الله تعالى وجزيل عطائه العبد الفقير إلى الله تعالى الى...على... محمد... القنيش... غفر..». أما نجارة المسجد فقد كانت على جانب عظيم من الأهمية.. ولم يبق منها إلا المنبر الذى لا شك فى أنه فخر المنابر الإسلامية فى دولة المماليك الجراكسة. فقد طعمت حشواته بالسن والزرنشان. وامتازت جوانبه وأبوابه بتقاسيم فريدة وخاصة فى دائرته الكبرى. ومما زاد فى اهميته اشتماله على اسم صانعه المكتوب على باب المقدم بما نصه «نجارة العبد الفقير إلى الله تعالى الراجى عفوربه الكريم «على بن طنين» بمقام سيدى حسين أبو على.. نفعنا الله». وقد أجريت على هذا المسجد عدة اصلاحات فى عصور مختلفة حباً فى هذا المكان وحباً فى صاحبه.. ودفن به غير واحد من العلماء منهم الشيخ «أحمد الكعكى» المتوفى فى سنة 952ه - 1545م. والشيخ «عبيد» والشيخ «على حكشة» المتوفى سنة 1271ه - 1854م. والشيخ «مصطفى البولاقى» المتوفى سنة 1263ه - 1846م. وقد بقى المسجد موضع رعاية باعتباره حرم حىّ بولاق المحبب إلى سكانه. إلى أن سقط إيوانه الشرقى أثناء الاحتفال بمولد صاحبه فى 13 يوليو 1922. فتعطلت إقامة الشعائر فيه إلى أن قامت وزارة الاوقاف بتجديده مع المحافظة على الأجزاء القديمة فيه ودمجها مع التصميم الجديد.
