أعربت المنظمة عن قلقها البالغ لما وصلت إليه الأمور بشأن منظمات المجتمع المدني والمحاولات المتكررة لتجفيف منابع المنظمات العاملة في مجال الدفاع عن حقوق الإنسان، حيث تعرضت العديد من تلك المنظمات والجمعيات لإجراءات تعسفية تمثلت في رفض طلبات الموافقة على منح مالية أو المماطلة في الرد على الطلبات مما دفع عدد من المنظمات إلى اتخاذ إجراءات تصعيدية من خلال إقامة الدعاوى القضائية ضد وزارةالتضامن، وذلك على الرغم من إلتزام المنظمات لكافة الإجراءات الرسمية المقررة قانونا لإشهارها وتمكينها من ممارسة عملها الرقابي المعترف بها. تقدمت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان برد كتابي على خطاب إدارة مصر القديمة الاجتماعية للجمعيات التابعة لوزارة التضامن الاجتماعي الوارد للمنظمة بتعليمات الدكتور رئيس مجلس الوزراء بالتنبيه بعدم الدخول مع جهات أجنبية في مشروعات بحوث أو دراسات أو استطلاعات رأي أو جمع معلومات إلا بعد أخذ رأي الجهات الأمنية للوقوف على حقيقة تلك الجهات الأجنبية وأبعاد التعاون معها.
وقالت المنظمة أنها تلتزم بكافة القواعد والضوابط الواردة بالقانون رقم48 لسنة 2002 بشأن الجمعيات والمؤسسات الأهلية ولائحته التنفيذية، وذلك منذ إشهار المنظمة بتاريخ 26/6/2003 تحت رقم 5220،وأن أية مشروعات أو طلبات منح داخلية أوخارجية تتخذ المنظمة فيها كافةالإجراءات الرسمية اللازمة ولا تشرع في تنفيذها إلا بعد موافقة وزارة التضامن الاجتماعي والتي تأخذ رأي كل الجهات المعنية بما في ذلك الأمن|،وأضافت المنظمة أن هذه الإجراءات متشددة وتعطل فى كثير من الأحيان أنشطة المنظمة بل قد تصل إلى حدرفض المشروعات دون أسباب موضوعية.
وأعرب حافظ أبو سعده رئيس المنظمة عن قلقه البالغ من محاولات إقصاء وإجهاض عمل منظمات حقوق الإنسان والتي تعمل في مصر منذ أكثر من 28 عاما في الدفاع عن منظومة حقوق الإنسان.
وأكد أبو سعده أنه بعد ثورة الخامس والعشرين من يناير تنافست المنظمات الحقوقية الصعداء وشعرت بأن بعد الثورة سيتم إزالة كافة القيود والمعوقات التي تعوق عمل المجتمع المدني في مصر وأن هذه المنظمات ستشهد مناخ من الحرية للدفاع عن حقوق المواطن المصري البسيط، ولكن أن يتم السعي لتكبيل عمل هذه الجمعيات على هذا النحو فهو مؤشر سئ للغاية.
وأكد أبوسعده أن هناك نية مبيتة من قبل الحكومة الحالية لتقييد العمل الأهلي والقضاء على المدافعين عن حقوق الإنسان. وعليه تطالب المنظمة الحكومة المصريةبتعديل القانون رقم 84 لسنة 2002 الخاص بالجمعيات الأهلية لإعطاء مزيد منالحرية لهذه الجمعيات، وأن يكون التسجيل بمجرد الإخطار، وعدم تدخل الجهة الإدارية في الشأن العام للجمعيات، وإلزام السلطات المحلية بإشراك منظمات المجتمع المدني في خطةالتنمية المحلية، وإطلاق حرية تأسيس الاتحادات النوعية التي تكون منوطة ببناء الشراكات، وإلغاء كافة العقوبات السالبة للحرية لكون قانون العقوبات به ما يكفيه لتوقيع العقوبات على الجمعيات المخالفة.