شن مؤيدو جماعة الإخوان المسلمين من شباب وقيادات بالجماعة هجوما كبيرا علي الدكتور راغب السرجاني ولم ينج من اتهامات التخوين والعمالة و السقوط في بئر الاستسلام والتراجع عن مواقفه من دعم التيار الإسلامي و مناهضة نظام ما بعد 3 يوليو . وكان د.راغب السرجاني والمحسوب علي التيار الإسلامي قد نشر مقالا على موقع قصة الإسلام بعنوان "وَاللَّهُ أَعْلَمُ بِالظَّالِمِينَ" تحدث فيه عن عدم الخلط بين ظلم الكفار وظلم المسلمين فقال أن من أخطر هذه المخالفات أن نخلط بين الظلم الواقع من كفار لا يُؤمنون بالله واليوم الآخر وبين الظلم الواقع من المسلمين أنفسهم" وأخذت المقالة أبعادا أعمق من هذا المفهوم حيث اتهم بعض مؤيدي الجماعة الدكتور راغب السرجاني بتقاضي أموال نظير تغيير موقفه واخرون اتهموه بأنه تلقي تعليمات من أجهة أمنية تسعي إلي إحداث تحريك في الماء الراكدة فيما يخص المشهد السياسي المصري في محاولة لإجراء مصالحة مع جماعة الإخوان المسلمين . وتعرض الدكتور راغب السرجاني إلي سيل من الانتقادات بعد مقاله " والله اعلم بالظالمين " الذي دعي فيه إلي فهم السنة النبوية المطهرة عند الرجوع إليها والاستفادة منها ومعرفة ظروف الظلم التي تعرض لها الرسول صلي الله عليه وسلم لتجنب السقوط في مخالفات شرعية جسيمة دون دراية بوازع تطبيق الكتاب والسنة . وكان قد حذر من الخلط بين دفع الفساد الواقع علي المسلمين من حاكم مسلم مثلهم وبين آخر كافر داعيا التدبر في معاملات الرسول صلي الله عليه وسلم مشيرا في مقاله إلى أن هذه المعادلة يصعب فهمها لمن ينظر إلي معاملات الرسول مع ملف الكفار فقط دون ملف الحاكم المسلم . وشهدت صفحة الدكتور راغب السرجاني سيلا من الانتقادات ففي تعليق تم تكراره أكثر من مرة دعي رواد ف سبوك السرجاني إلي مراجعة موقفه قبل السقوط في محنة " الانقلاب " التي سقطت فيها الأقنعة _ علي حد وصف التعليق _ مذكرا إياه بمحاضراته التي برر فيها سقوط الأندلس وبرر اجتياح التتار للعالم الإسلامي بان كان سببها " صمت العلماء " وخضوعهم للظلم . وسخر احدهم قائلا " رد يا دكتور راغب .. أليست طاعة السيسي من طاعة الله ورسوله " وقال آخر انه فهم من المقال الاستسلام لما هو كائن الآن ونرضخ لظلم السيسى الذي لا يختلف اثنان على ظلمه بصفته الأمير الآن بصرف النظر كيفية حصوله على الإمارة بل ونرضى بأن يغتصب أموالنا وبناتنا ويقتل ويحرق أولادنا ثم نكشف له ظهورنا ليجلدنا وفي النهاية نقيم الليل ندعو له بالصلاح والهداية وتقول إن هذا أمر شرعي ورأي الداعية عصام تليمة بان الدكتور راغب السرجاني وقع في خطأ علمي لأنه لا يمتلك أدوات البحث في العلوم الشرعية التي تغاير البحث في السياق التاريخى. لأن هناك فرقا في موقف الرسول صلى الله عليه وسلم من الظالم الكافر ومن الظالم المسلم، ففي الأول جاهد ضده جهادا بالسيف، وفي الآخر، اكتفى بالأمر بالصبر عليه، والسمع والطاعة له، وهو كلام ينطوي على مغالطات كبيرة، وجهل صارخ بنصوص القرآن الكريم والسنة، فلو أن الدكتور راغب كلف نفسه عناء البحث لا أقول في كتب الفقه والتفسير، لكن يكفيه أن يعود لكتاب واحد هو (زاد المعاد) للإمام ابن القيم، والذي قسم الجهاد إلى ثلاثة عشر مرتبة، منها ثلاثة في جهاد أرباب الظلم والبدع والمنكرات، باليد، فإن عجز انتقل إلى اللسان، فإن عجز جاهد بقلبه . في السياق ذاته كتب المؤرخ محمد الجوادي عبر صفحته على «تويتر» مهاجما السرجاني: "من أراد الفتيا فليستفت قلبه الذي رزقه الله به وأودعه الحق بالفطرة فلن يغني عنك من الله راهب مسيحي ولا راغب مسلم". وتابع الجوادي: «لا حول ولا قوة إلا بالله.. راغب السرجاني !! بئس المقال، دين الله أتى ليحرر عباد الله من عبادة العباد لعبادة رب العباد لا لتشريع الظلم». ودافع الدكتور معتز بالله عبد الفتاح أستاذ العلوم السياسية عن الدكتور راغب السرجاني قائلا : انه يفرق بين الحاكم المسلم، والكافر، والنبي عليه الصلاة والسلام شرع الجهاد ضد الكافر، ولم يبحه ضد المسلم إلا إذا ارتد عن الإسلام . وأضاف: انه من الطريف اتهام مؤيدو التيار الإسلامي للدكتور راغب السرجاني بانه " شرب شاي بالياسمين " وقال الدكتور مصطفي النجار عضو مجلس الشعب السابق نفس هؤلاء الأشخاص الذين يرمونه بالتخوين والطمع في السلطة كانوا يعتبرون الرجل علامة عصره ونابغة زمانه حين كان يجوب مع المرشح الرئاسي محمد مرسى المحافظات ويتحدث في المؤتمرات الانتخابية يدعو الناس لانتخاب مرسى واختيار الإخوان". وتابع النجار: "رغم عدم اقتناعي بمنهجه في كتابة التاريخ الذي يصوغ أحداثه طبقا لهواه الايديولوجى إلا أن مقاله الأخير حين قرأته لم أجد فيه سوى تحذير من التكفير مهما كانت درجة الظلم التي تقع على الإنسان، وتحذير من الدعوة للجهاد والاستشهاد ضد حكام مسلمين ظالمين وتوجيه بالصبر والاحتساب والتزام السلمية يذكر أنه كان إبراهيم منير الأمين العام لجماعة الإخوان المسلمين ببريطانيا قد كشف في حوار له عن وجود مراجعات داخل جماعة الإخوان المسلمين للفترة السابقة مما سيكون له مؤشرات ستظهر نتائجها في الأيام القادمة .
