استنكرت قيادات إسلامية ما كتبه الدكتور راغب السرجاني في مقاله الأخير والذي نشره على موقع "قصة الإسلام" بعنوان "والله أعلم بالظالمين"، يدعو فيه إلى طاعة الحاكم ولو كان ظالما درءًا للفتنة، في إشارة للمطالبة بالاعتراف بشرعية الرئيس عبد الفتاح السيسي. وأبدى الدكتور ممدوح المنير القيادى بالتحالف الوطني لدعم الشرعية ورفض الانقلاب ورئيس الأكاديمية الدولية للدراسات والتنمية رفضه لما ذكره السرجانى في مقاله الذي دعا فيه أنصار مرسي لطاعة ولي الأمر. وقال المنير، إن السرجاني منذ بداية ما وصفه بالانقلاب اختار أن يسكت تمامًا، أما ما كتبه اليوم فلا يعرف من أين جاء به، اجتزاء و انتقاء للسيرة والفقه للقبول بالانقلاب والسيسى، بحسب تعبيره . وأضاف: "مع أني ادعى دراستي العلوم الشرعية والفقهية فى مرحلة من حياتى و بالتالى لدى الحد الأدنى من المعرفة التى استطيع بها تقييم ما كتبه". وتابع:"من هشاشته يسهل على أى مبتدئى فى العلم الشرعي و التاريخ الإسلامي الرد عليه، سامحك الله وغفر لك، وأدعو الله أن تراجع نفسك، و أرجو ألا يجرح أو يخون أحد فيه، فهذا اجتهاده وإن أخطأ فيه". من جهته قال محمد السيسي، عضو اللجنة القانونية لحزب الحرية والعدالة والقيادي بجماعة الإخوان المسلمين إن ما كتبه السرجاني اجتهاد شخصي، لكنه لا يمثل رأيًا فقهيًا. ورأى أنه من الناحية السياسية إسقاط ما وصفه بالانقلاب ضرورة، ومن الناحية الشرعية واجبه من باب تغيير المنكر. وأوضح أن المبادرات والتصريحات الأخيرة التي ظهرت على الساحة السياسية للمصالحة بين نظام 3 يوليو والمعارضة الحالية، رفضتها القوى الثورية بسبب عدم تأكيدها على مبدأ القصاص لدماء الشهداء. وأكد أن الجماعة لا ترفض المبادرات من حيث المبدأ، لكن من باب أولى الإفراج عن جميع المعتقلين ومحاكمة قتلة الشهداء وعلى رأسهم عبد الفتاح السيسي ومحمد ابراهيم. في السياق ذاته قال الدكتور عصام تليمة، عضو حركة علماء ضد الانقلاب، إن السرجاني وقع في خطأ علمي كبير حين خرج من إطار الدعوة إلى إطار البحث العلمي، وأنه معني بالتاريخ وليس مؤهلا إلى تناول أحكام فقهية. وأضاف تليمة: "كلام السرجاني ينطوي على مغالطات كبيرة، وجهل صارخ بنصوص القرآن الكريم والسنة، وخلط بين القتال بالسلاح، والجهاد، القتال يا عزيزي لون من ألوان الجهاد، الجهاد هو بذل كل جهدك في مقاومة الظلم، سواء كان ظلما من كافر أم من مسلم". وكان راغب السرجاني، أحد الكتاب المقربين من جماعة الإخوان المسلمين قال في مقاله إن الرسول صلى الله عليه وسلم أمر بالتعامل مع الحاكم المسلم الظالم بطريقة مغايرة تماما مع التعامل مع الحاكم الكافر، مشيرًا إلى أنه أي الرسول لم يُعْلِن الجهاد في حياته إلا على الكفار الصرحاء، وليس هناك استثناء واحدًا لذلك في سيرته. واستشهد "السرجاني" على صحة قوله بحوار دار بين النبي صلى الله عليه وسلم والصحابي حذيفة بن اليمان وكان نص الحوار: روى مسلم عن حُذَيْفَةَ بْنِ الْيَمَانِ رضي الله عنه قَالَ: قُلْتُ: يَا رَسُولَ اللهِ، إِنَّا كُنَّا بِشَرٍّ، فَجَاءَ اللهُ بِخَيْرٍ، فَنَحْنُ فِيهِ، فَهَلْ مِنْ وَرَاءِ هَذَا الْخَيْرِ شَرٌّ؟ قَالَ: "نَعَمْ"، قُلْتُ: هَلْ وَرَاءَ ذَلِكَ الشَّرِّ خَيْرٌ؟ قَالَ: "نَعَمْ". قُلْتُ: فَهَلْ وَرَاءَ ذَلِكَ الْخَيْرِ شَرٌّ؟ قَالَ: "نَعَمْ". قُلْتُ: كَيْفَ؟ قَالَ: "يَكُونُ بَعْدِي أَئِمَّةٌ لاَ يَهْتَدُونَ بِهُدَايَ، وَلاَ يَسْتَنُّونَ بِسُنَّتِي، وَسَيَقُومُ فِيهِمْ رِجَالٌ قُلُوبُهُمْ قُلُوبُ الشَّيَاطِينِ فِي جُثْمَانِ إِنْسٍ". قَالَ: قُلْتُ: كَيْفَ أَصْنَعُ يَا رَسُولَ اللهِ، إِنْ أَدْرَكْتُ ذَلِكَ؟ قَالَ: "تَسْمَعُ وَتُطِيعُ لِلأَمِيرِ، وَإِنْ ضُرِبَ ظَهْرُكَ، وَأُخِذَ مَالُكَ، فَاسْمَعْ وَأَطِعْ".