لقد اعترى المنظومة التشريعية الحاكمة لعمل الجهاز المركزي للمحاسبات سلبيات حالت بينه وبين تفعيل رقابته على أموال الدولة وأموال الجهات الخاضعة لرقابته تتمثل في عدم استقلالية الجهاز وتسييسه وانعزاله عن الشعب المصري وتجريد أعضائه من الأدوات التي تمكنهم من آداء مهامهم الرقابية ومحاربة الفساد المالي والإداري فضلا عن تدني دخولهم لدرجة لايمكن تصورها. وقد كان صدور قرار السيد المستشار / وزير العدل رقم 8937 لسنة 2012 بتفعيل المادة 88 من لائحة الجهاز بتخويل أعضاء الجهاز صفة مأموري الضبط القضائي بمناسبة أداء أعمالهم خطوة في الطريق الصحيح نحو معالجة تلك السلبيات التي تعوق عمل الجهاز المركزي للمحاسبات , لأن الضبطية القضائية إحدى الأدوات والصلاحيات الواجب توافرها للجهاز ولأعضائه , وهي التزام يقع على عاتق كل عضو من أعضاء الجهاز ويزيده إصرارا وعزيمة في وجه كل من تسول له نفسه التعدي على أموال الدولة وأموال الجهات الخاضعة لرقابة الجهاز . وهذه الخطوة تحتاج إلى خطوات أخرى تدعمها وتعضدها وصولا لإصلاح المنظومة الحاكمة لعمل الجهاز المركزي للمحاسبات , وأولى هذه الخطوات تتمثل في ضرورة استقلالية الجهاز عن السلطات والجهات الخاضعة لرقابته كما أوصت بذلك الاتفاقيات والمعاهدات الدولية وأخرها مصادقة الجمعية العامة للأمم المتحدة في 22/11/2012 على مبادئ استقلالية الأجهزة العليا للرقابة والمحاسبة , ويجب أن تكون هذه الاستقلالية مصحوبة بضمان عدم تسييس الجهاز بأن يكون اختيار رئيسه من بين أعضاء الجهاز بعيدا كذلك عن السلطة التنفيذية ممثلة في رئيس الجمهورية , وألا يكون الجهاز بمعزل عن الشعب المصري الذي يجب ان يطلع على نتائج الرقابة والفحص التي يقوم بها الجهاز المركزي للمحاسبات عن طريق اتاحة تقارير الجهاز للرأي العام عدا المتعلق منها بالأمن القومي. وبقيت خطوة هامة وضرورية وهي إصلاح الأوضاع المالية لأعضاء الجهاز المركزي للمحاسبات والتي وصلت لمرحلة حرجة , فلا يمكن أن يتصور أي من أفراد الشعب المصري أن دخول أعضاء الجهاز لا تصل إلى 30% من دخول نظرائهم بالهيئات القضائية وبالجهات الخاضعة لرقابة الجهاز مثل قطاعات البنوك والبترول والاتصالات وغيرها , خاصة إذا أن جدول الأجور والبدلات والعلاوات الموجودة بلائحة العاملين بالجهاز لم ينلها أي تعديل منذ أكثر من 13 عاما اعتبارا من تاريخ صدورها عام 1999, وهنا نتوجه إلى السيد الدكتور / محمد مرسي رئيس الجمهورية وهو من بيده سلطة تعديل لائحة العاملين بالجهاز , أن يصلح من شأن أوضاع أعضاء الجهاز وتحسين دخولهم المادية بالقدر الذي يمكنهم من أداء مهامهم الرقابية بما يكفل حماية فعالة للمال العام, ولضمان عدم تأثرهم بالإغواءات والإملاءات التي يتعرضون لها , إذ الواجبات والالتزامات يجب أن يقابلها حقوق وضمانات.