رفض شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي إدراج قضية سحب كتاب "تقرير علمي" للدكتور محمد عمارة على جدول أعمال المجلس بمجمع البحوث الإسلامية خلال اجتماعه الشهري ، بناء على طلب عدد من أعضاء المجمع وكان الأعضاء عبروا عن استيائهم من صدور قرار سحب الكتاب من الأمانة العامة دون الرجوع إلى مجلس المجمع كما هو متبع، إلا أن طنطاوي برر ذلك بحساسية القضية وحتى لا يتسبب التصعيد في إثارة فتنة طائفية. وكانت مجلة "الأزهر" قامت بتوزيع الكتاب في عددها لشهر ذي الحجة بناء على تكليف من المجمع للرد على كتاب تنصيري لشخص قبطي مغمور يدعى سمير مرقص إلا ان قراراً من المجمع صدر بسحبه استجابة لضغوط قبطية مارستها الصحف المملوكة لرجل الأعمال القبطي نجيب ساويرس، والمستشار نجيب جبرائيل المستشار القانوني للكنيسة الأرثوذكسية ومدير منظمة "الاتحاد المصري لحقوق الإنسان" الذي قاد حملة الهجوم على الكتاب، بزعم أنه يسيء إلى عقيدة المسيحيين.