أثار اقتحام قوات أمن الداخلية بنظام الانقلاب ردود أفعال واسعة من الصحفيين والكتاب والنشطاء السياسيين، خاصة بعد القبض على صحفيين؛ هما عمرو بدر ومحمود السقا من داخل النقابة أمس الأحد، بعد التعدي على الأمن وأحد أفراد أسر الصحفيين المعتقلين داخل السجون. وأكد النشطاء وعدد كبير من الصحفيين أن اقتحام نقابة الصحفيين تم بعلم قائد الانقلاب عبدالفتاح السيسي وموافقته لأن وزير داخليته لا يجرؤ فعل هذا إلا بتنسيق معه، خاصة أن القضية تمس سمعة الانقلاب في تأكيد ما يتداوله منظمات المجتمع المدني من قمع الحريات والرأي، في الوقت الذي يعد اقتحام النقابة أول سابقة تاريخية من نوعها منذ إنشائها. وطالب خالد البلشي -عضو مجلس نقابة الصحفيين- برد قوي وسريع من جانب كل الجماعة الصحفية، مضيفًا: "أعتقد أن الأمر تعدى نطاق مجلس النقابة للجمعية العمومية التي يجب أن تكون حاضرة بقوة في هذا المشهد، وفي مواجهة هذا الاعتداء غير المسبوق على مؤسسة النقابة وعلى الصحافة المصرية". وأضاف أن "هذه الجريمة التي ارتكبها وزير الداخلية مجدي عبدالغفار تتوج ما أكدته تقارير المنظمات المعنية بحرية التعبير والصحافة بشأن التدهور غير المسبوق لأوضاع الصحافة المصرية في عهد عبد الفتاح السيسي". وقال الكاتب الصحفي جمال سلطان إن اقتحام الشرطة نقابة الصحفيين والقبض على اثنين من أعضائها واقعة غير مسبوقة وتكشف توتر النظام وارتباكه وتكلفتها السياسية داخليا وخارجيا هائلة. فيما قال الدكتور طارق الزمر رئيس حزب البناء والتنمية اقتحام نقابة الصحفيين لن يطمس جرائم الاستبداد بل سيفضحها.وأغبى الطغاة هو من يعتدى على القلم ليعيش آمنا على الكرسي. وكشف "خالد علي" -المحامي والحقوقي- عن عدد من التفاصيل الخاصة بالساعات التي سبقت اقتحام الأمن لنقابة الصحفيين، مشيرًا إلى أنه تلقى اتصالًا من نقيب الصحفيين "يحيى قلاش" لكي يتناقش معه في الأفكار القانونية المتاحة لإنهاء أزمة الزميلين "عمرو بدر" و"محمود السقا"، وكادت الأزمة أن تنتهي بالفعل لولا تدخل الأمن. وقال (بدر والسقا) أصحاب قلم، وليسا مجرمين، ولم يحملا السلاح لكن لأنهما أصحاب رأي يتمثل في رفض التنازل عن جزيرتي (تيران وصنافير) للسعودية، تم اتهامهما مسبقًا بمحضر تحريات فقط من "الأمن الوطني" أنهما سوف يعدان تظاهرة يوم (25) ومن ثم صدر لهما أمر ضباط وإحضار على جريمة "احتمالية ومستقبلية". وقال علاء الأسواني "الأمن اقتحم نقابة الصحفيين وقبض على الصحفيين عمرو بدر ومحمود السقا.. هل صارت نقابة الصحفيين مستباحة لهذا الحد؟ ننتظر ردا حازما من نقابة الرأي". وقال الإعلامي جمال ريان بقناة الجزيرة: "اقتحام نقابة الصحفيين المصريين رسالة مفادها اما ان تدلسوا وتمجدوا النظام واما السجون والمعتقلات ليس هكذا تدار الدول "بلطجة ما بعدها بلطجة". وأكد محمد حمدي الصحفي إن هناك رسالة أراد السيسي إيصالها لشركاء انقلابه في 3. يونيو 2013 وهي أنه لا أحد فوق جبروت السيسي في قمع كل من يحاول المساس بكرسيه أو مصالحه هو وقادة أركانه، مؤكدا أن السيسي أراد أن يعرف الصحفيين الذين وقفوا معه في الانقلاب حجمهم الطبيعي. فيما أكد الدكتور محمد محسوب وزير المجالس النيابية الأسبق "اقتحام أمن الانقلاب لنقابة الصحفيين فصل جديد من فصول قتل حرية التعبير لم يحدث في أسوأ الدكتاتوريات.. من يبع أرض مصر لا يؤتمن على حريات شعبها".