نفي الدكتور محمد عمارة المفكر الإسلامي المعروف وعضو هيئة كبار العلماء ، أي علاقة له بمقال "ثالوث الشر" الذي نشرته مجلة الأزهر في عددها الأخير والذي تضمن هجوما ضاريا علي جماعة الإخوان وتحميلها مسئولية انتشار الفساد والانحلال والشذود في مصر. وقال عمارة في تدوينة له علي شبكة التواصل الاجتماعي فيس بوك: "إنه لم يكتب هذا المقال كما ادعى بعض الأفاكين موجها خطابه لهؤلاء بالقول "أرجو مراجعة صفحات المجلة .. سيتضح مَن هو صاحب المقال أيها الأفاكون المُزَوِّرون".
المقال الذي تصدر المجلة حمل عنوان "ثالوث الشر الإخوان.. الملحدون.. الشواذ" ، واتهم الجماعة بهدم وإحراق الكنائس، وإهدار دم ضباط وجنود وأفراد الجيش والشرطة، إضافة إلى تفجير القنابل وتدمير شبكات الصرف الصحي، وتسميم مياه الشرب.
يشار إلى ان "عمارة" يتعرض لضغوط متزايدة وحملة تحريض لإقصائه عن رئاسة تحرير مجلة "الأزهر"، وشهد العدد الصادر من المجلة لشهر رجب، غياب مقالته الافتتاحية، وعدم وضع اسمه كرئيس تحرير منفردًا. ولاحظ قراء عدد "رجب" من المجلة، وضع اسم عمارة إلى جانب الدكتور محمود حمدي زقزوق، والدكتور عبدالفتاح العواري ضمن "مجلس تحرير" المجلة، بالإضافة إلى غياب اسمه عن المقال الافتتاحي، والذي حمل عنوان "الغارة المشبوهة على التعليم الديني بالأزهر الشريف"، والذي حمل توقيع "مجلس التحرير".