حملت "مجلة الأزهر" جماعة الإخوان المسلمين مسئولية انتشار ظاهرتي الشذوذ والالحاد في الفترة الاخيرة بمصر . وجاء ذلك في مقال تصدر المجلة تحت عنوان "ثالوث الشر الإخوان.. الملحدون.. الشواذ". واتهم المقال الجماعة بهدم وإحراق الكنائس، وإهدار دم ضباط وجنود وأفراد الجيش والشرطة، إضافة إلى تفجير القنابل وتدمير شبكات الصرف الصحي، وليس آخرها تسميم مياه الشرب. واعتبر ناشطون مصريون هذا المقال من قبيل التضييق على رئيس تحرير المجلة، المفكر الدكتور محمد عمارة، والمتهم بأنه قريب من الإخوان المسلمين، داعين عمارة إلى تقديم استقالته فورا، والحفاظ على تاريخه الأكاديمي ، بحسب ما ذكره موقع "عربي21". بدوره رأى "عمارة" أن هذا المقال، الذي اعتبره تجاوزا، ضريبة يمكن دفعها مقابل ما تقوم المجلة من دور مهم وضروري في الدفاع عن مفهوم وصورة الإسلام الحقيقي، وما تؤديه من دور في التصدي لما وصفها ب"الجهالات العلمانية المغرضة".