لقبان حققهما الزمالك هما نصيب مصر من المشاركة في دوري أبطال إفريقيا في فترة التسعينات التي شهدت تغيير نظام البطولة لشكلها الحالي. فبخلاف الزمالك، فشل الأهلي والإسماعيلي اللذان نالا شرف تمثيل مصر في دوري الأبطال في هذه الفترة في التتويج بالكأس الإفريقي. ويستعرض FilGoal.com تاريخ مشاركات قطبي الكرة المصرية في هذه الفترة .. بداية محبطة شارك الأهلي كممثل لمصر في نسخة 1990 من دوري الأبطال، ولكنه لم يصمد طويلا في البطولة بالرغم من الانطلاقة القوية. فالمارد الاحمر أطاح بالاتحاد الليبي من دور ال16 بعد الفوز في مباراة الذهاب في القاهرة 5-0 والفوز خارج الديار 3-0. ولكن مشوار ممثل مصر انتهى في دور الثمانية على يد الترجي بالخسارة في ركلات الترجيح 4-2 بعد التعادل ذهابا وإيابا سلبيا. الحال لم يختلف في بطولة 1991 التي اجتاز فيها الأهلي الدور الأول بعد انسحاب منافسه بريوري الإثيوبي، ليتأهل لمواجهة زيمبابوي هايلاندرز في دور ال16 ويطيح به بالفوز 4-1 في مجموع لقاءي الذهاب والإياب. ولكن ركلات الترجيح أطاحت بالأهلي مجددا بالخسارة من ناكيبوفا فيلا الأوغندي 4-2 بعد التعادل 2-2 في مجموع لقاءي الذهاب والإياب. تبدلت الأدوار في بطولة 1992 ليشارك الإسماعيلي كممثل لمصر، وينجح في الوصول إلى نصف نهائي البطولة. وأطاح الدراويش بيانج أفريكانز التنزاني ومولودية قسنطينة الجزائري والإفريقي التونسي في طريقهم نحو نصف نهائي البطولة قبل مواجهة الهلال السوداني. وخطف الهلال تعادلا ثمينا في الإسماعيلية بهدف لكل فريق ضمن له التأهل للنهائي بعد التعادل سلبيا في السودان. الإعصار الأبيض استعادت مصر الكأس الإفريقي بعودة مشاركة الزمالك في بطولة 1993 محققا لقبه الثالث على مدار تاريخه. فالفريق الأبيض توج بدوري الأبطال للمرة الثالثة في تاريخه بعدما قدم لاعبوه أداء استثنائيا مكنهم من الإطاحة بمنافسيهم بنتائج كبيرة. وأطاح الزمالك في مشواره للنهائي بماليندي التنزاني وكايزر تشيفز الجنوب إفريقي ومولودية وهران الجزائري وستايشنري ستوز النيجري ليواجه العملاق الغاني أشانتي كوتوكو في النهائي. واستطاع الفريق الأبيض خطف التعادل سلبيا مع منافسه الغاني في ذهاب النهائي، إلا أن نتيجة مباراة الإياب انتهت بنفس النتيجة، ليلجأ الفريقان إلى ركلات الترجيح التي أهدت اللقب للزمالك بالفوز 7-6. وللعام الثاني على التوالي -1994- يصل الزمالك إلى المباراة النهائية في البطولة ولكن الترجي التونسي نجح في خطف اللقب هذه المرة بعد الفوز 3-1 في مجموع لقاءي الذهاب والإياب. واستعاد الإسماعيلي مشاركاته القوية نسخة 1995 التي وصل فيها لقبل النهائي قبل تلقي هزيمة مذلة من أسيك أبيدجان 5-1 في مباراة الإياب بالرغم من فوز الدراويش في الإسماعيلية 1-0. غياب الزمالك عن المشاركة لم يؤثر على قوته الإفريقية التي أهلته لاستعادة التاج في بطولة 1996. فالفريق الأبيض نجح في اقتناص اللقب من شوتينج ستارز النيجيري بركلات الترجيح أيضا بنتيجة 5-4 بعد التعادل 3-3 في مجموع لقاءي الذهاب والإياب. الشكل الجديد شهد عام 1997 تغيير نظام البطولة لتحمل مسماها وشكلها الحالي، وبدأ العمل بنظام المجموعات للمرة الأولى. وودع الزمالك البطولة من دور الثمانية بعدما حل ثانيا في مجموعته. ونصت لوائح الاتحاد الإفريقي لكرة القدم (كاف) على تقسيم الثمانية فرق على مجموعتين بحيث يتقابل متصدرا المجموعتين في المباراة النهائية. ولم تأت عودة الأهلي للمشاركة في دوري الأبطال بعد رجوع إدارة القلعة الحمراء عن قرارها السابق بمقاطعة البطولات الإفريقية منذ عام 1994 على المستوى المأمول. فإدارة الأهلي قررت الاشتراك في دوري الأبطال بالفريق الثاني في ظل مشاركة الفريق الأول في بطولة النخبة العربية التي حسمها الفريق الأحمر لصالحه. وبالرغم من انتهاء مواجهتي الذهاب والإياب بالتعادل إلا أن الفريق الاثيوبي أقصى الأهلي بعد التعادل في الذهاب 1-1 والتعادل في القاهرة 2-2 مستفيدا من قاعدة احتساب الهدف خارج الملعب بهدفين. وأحرز هدفي الأهلي أحمد نخلة وأحمد عبد المنعم "كشري". وخاض الأهلي المباراة بالبدلاء في ظل مواجهة الفريق الأول لمولودية وهران الجزائري في نهائي كأس النخبة في نفس اليوم الخامس من ابريل 1998، وفاز الفريق الأحمر حينها 2-0. وقاد الفريق الإفريقي أحمد ماهر المدرب العام للفريق الأهلاوي، لإنشغال الألماني راينز تسوبيل بقيادة الفريق المشارك في البطولة العربية. وتحسن الحال في مشاركة الفريق الأحمر في بطولة 1999 حيث تأهل لدور الثمانية ولكنه حل في المركز الثاني في مجموعته ليودع البطولة.
