حذرت عدد من المنظمات الحقوقية، من تزوير عملية الاستفتاء على مشروع الدستور الجديد، خاصة بعد المؤتمر الصحفي الذي عقده المجلس القومي لحقوق الإنسان، وأعلن فيه أنه يجب على المنظمات الراغبة في المراقبة بأن تحصل على تفويض بذلك من المجلس. وأكدت المنظمات الحقوقية في بيان لها، رفضها أن يكون المجلس القومي وصيا على منظمات المجتمع المدني، محذرة من أن المناخ المحيط بعملية الاستفتاء لا يعطي مؤشرات بنزاهته. وأضاف البيان، أن المجلس القومي لحقوق الإنسان يحاول احتكار تنظيم مراقبة المجتمع المدني على الاستفتاء، رغم أن المجلس غير محايد ويفتقر إلى أدنى معايير المهنية في عمله، بل يفتقد إلى الإلمام بحقوق الإنسان، لاسيما بعد الاستقالات التي تقدم بها عدد كبير من أعضائه، الذين انتقدوا أداء المجلس المجامل للمواقف الرسمية للدولة، وصمته عن الانتهاكات التي يرتكبها حزب رئيس الجمهورية، هذا بالإضافة إلى أن المستشار حسام الغرياني رئيس المجلس القومي لحقوق الإنسان، وفي نفس الوقت رئيس الجمعية التأسيسية التي أنتجت مشروع الدستور. وأكدت المنظمات الحقوقية الموقعة على البيان وهي "المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، ومركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان، والمركز المصري لحقوق المرأة، ومؤسسة عالم واحد للتنمية، ومركز أندلس لدراسات التسامح، والجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، والجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطي، والمنظمة العربية للإصلاح الجنائي"، أن الجهة الوحيدة التي نص عليها القانون، والمنوط بها إصدار تصاريح مراقبة الانتخابات والاستفاء هي اللجنة العليا للانتخابات، التي سبق وأن أصدرت قرارا في 8/12/2012 باستمرار العمل بتصاريح المتابعة الصادرة من اللجنة العليا للانتخابات، ولجنة انتخابات الرئاسية لمنظمات المجتمع المدني المحلية والدولية ووسائل الإعلام المحلية والدولية بمتابعة الانتخابات البرلمانية 2011/2012 والانتخابات الرئاسية 2012 وذلك بذات الضوابط الواردة بقرار رئيس اللجنة العليا للانتخابات رقم 20 لسنة 2011. وأكدت منظمات المجتمع المدني، مراقبتها للاستفتاء على مسودة الدستور؛ استنادا إلى الحكم القضائي، الذي سبق وحصلت علية بأحقيتها في مراقبة الانتخابات، واستنادا إلى قرار اللجنة العليا للانتخابات بمراقبة الاستفتاء بنفس تصاريح المتابعة الصادرة في 2011 و2012. كما تدعو المنظمات، المواطنين إلى موافاتها بأية خروقات يتم رصدها أثناء عملية الاستفتاء.
