انتقد سياسيون وحقوقيون قرار الدكتور محمد مرسى، رئيس الجمهورية، بمنح حق الضبطية القضائية للقوات المسلحة، مؤكدين أنها «تمثل انتكاسة جديدة للحقوق والحريات فى ظل حكم جماعة الإخوان المسلمين». وكان الدكتور محمد مرسى، رئيس الجمهورية، قد انتقد قرار الضبطية القضائية أثناء خوضه غمار جولة الإعادة فى معركة الانتخابات الرئاسية قائلاً: «أعتقد أن قرار الضبطية القضائية يمثل عودة لقانون الطوارئ بطريق غير رسمى وغير شرعى»، مؤكداً أن القرار «يمثل إساءة لجهاز المخابرات الحربية». واعتبر مرسى آنذاك أن «قانون الضبطية القضائية يخالف القواعد العامة للحقوق والحريات ومبادئ الديمقراطية، فضلاً عن مخالفته للقانون، متسائلاً: «كيف يمكن أن تخول صفة الضبطية القضائية للمخابرات الحربية وهى جهة غير معلومة للعامة؟». من جانبه قال الدكتور عمرو حمزاوى، رئيس لجنة الصياغات السياسية بجبهة الإنقاذ الوطنى، إن قرار الرئيس مرسى بمنح حق الضبطية القضائية للقوات المسلحة لحين الانتهاء من الاستفتاء على الدستور، والمقرر له السبت المقبل، يمثل تعدياً على مواثيق حقوق الإنسان. واعتبر حمزاوى القرار بمثابة «انتكاسة جديدة للحقوق والحريات فى ظل حكم جماعة الإخوان المسلمين»، مؤكداً أن جبهة الإنقاذ الوطنى ستدرس خلال اجتماعاتها المقبلة الموقف من القرار الرئاسى، مستنكراً لجوء الرئيس مرسى لإصدار قرار الضبطية القضائية بعد أن هاجمه خلال فترة حكم المجلس العسكرى. وانتقد الناشط الحقوقى جمال عيد، مدير الشبكة العربية لحقوق الإنسان، قرار منح الضبطية القضائية للقوات المسلحة، قائلاً «لن يطبق هذا المشروع إلا على جثثنا». وأضاف: «الرئيس أكد ووعد أنه لن يستخدم الإعلان الدستورى فى قرارات ضد حقوق المصريين، ولكنه أصدر قانون الضبطية الذى يعتبر أسوأ من قانون الطوارئ». وأوضح عيد أن مواقف جماعة الإخوان المسلمين متناقضة، مستشهداً بموقف المحامى أحمد أبوبركة، محامى الإخوان المسلمين، الذى أشار فيه إلى أن قرار منح الضبطية لرجال الجيش أخطأ فى تطبيق القانون وطالب بإلغائه، معتبراً «تطبيق قرار منح الضبطية القضائية لرجال الجيش يتيح لأى صول بالإعدادية، اعتقال دكتور جامعة أو البرادعى أو حتى مرشد الإخوان». وأكد حافظ أبوسعدة، رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، أن هذا القرار أسوأ بمراحل من القيود والانتهاكات التى كانت حالة الطوارئ توفر غطاءً قانونياً لها، وإذا كان عشرات الآلاف اعتُقلوا وعُذبوا وبعضهم قُتل باسم قانون الطوارئ، فإن هذا القرار الجديد سيوفر الغطاء القانونى لتدخل الجيش فى الحياة اليومية للمصريين. من جانبه، أكد الدكتور مصطفى فؤاد، أستاذ القانون الدولى بجامعة طنطا، عدم جواز منح الرئيس الضبطية القضائية للقوات المسلحة، مشيراًً إلى أن الضبطية القضائية تمنح فقط لكل من الهيئة القضائية العادية ومجلس الدولة، نافياً إمكانية إعطائها للقضاء العسكرى وذلك لخضوعه لسلطة وإشراف وزير الدفاع الذى يعد جزءًا من مكونات السلطة التنفيذية. وقال فؤاد إن منح الضبطية القضائية للقوات المسلحة سيجعل من القضاء العسكرى أداة فى يد السلطة التنفيذية تبيح له التحقيق وإلقاء القبض على المدنيين بغير سند قانونى، وهو ما يعد نوعاً من أنواع القيد على حريات المدنيين. ونفى فؤاد انتهاء الضبطية القضائية للقوات المسلحة بانتهاء استفتاء الدستور، مشيراً إلى أن سلطة القضاء العسكرى منصوص عليها فى مسودة الدستور، قائلاً «فى السابق كان القضاء العسكرى مرتبطاً بمحاكمة المدنيين فى حال اعتدائهم على منشأة عسكرية أو ارتكاب جريمة ضد جهة عسكرية، إنما بموجب القاعدة الجديدة سيمنح القضاء العسكرى والنيابة العسكرية اختصاصات تماثل القضاء الطبيعى والنيابة العامة». فى المقابل اعتبر الدكتور عبدالسند يمامة، أستاذ القانون الدولى بجامعة المنوفية، أن «منح الضبطية القضائية للقوات المسلحة حق أصيل لرئيس الجمهورية خاصة فى ظل تردى الحالة الأمنية».