صدرت العديد من الأحكام ضد قيادات الإخوان، منذ 30 يونيو، وحتى اليوم، وشهدت جدران المحاكم 8 أحكام قضائية، على محمد بديع باعتباره مرشدًا عامًا للجماعة. 6 مرات.. مثل فيها بديع أمام القضاء، قبل قضيتي التخابر مع منظمات أجنبية، والهروب من سجن وادي النطرون، اليوم، نال فيها حكمين بالإعدام، بينهما واحدًا غيابيًا، وصدر ضده 4 أحكام بالسجن المؤبد، منذ ضبطه في أغسطس 2013. كانت أخر شهر إبريل الماضي، وحكم فيها بالإعدام شنقًا، في قضية "غرفة عمليات رابعة"، و50 من قيادات وأعضاء الجماعة، لاتهامهم بإعداد غرفة عمليات لتوجيه تحركات الجماعة، بهدف مواجهة الدولة عقب فض اعتصامي "رابعة العدوية والنهضة" وإشاعة الفوضى في البلاد، والذي صدق عليه المفتي، ما جعله يظهر اليوم بالبدلة الحمراء. أما الثاني، في قضية حرق مقر شرطة مركز العدوة بالمنيا، وقضت محكمة جنايات المنيا بإعدام 183 شخصًا من بينهم، بديع، في 21 يونيو 2014، لاتهامهم بحرق مقر الشرطة وقتل رقيب بعد فض اعتصامي ميداني رابعة العدوية والنهضة، وهو الحكم الذي صدر ضده غيابيًا، وقبلت محكمة النقض الطعن عليه فيما بعد. وفي 15 سبتمبر 2014، أصدرت محكمة جنايات الجيزة، حكمًا بالسجن المؤبد على بديع، و14 من قيادات جماعة الإخوان في القضية المعروفة إعلاميًا ب"أحداث البحر الأعظم"، التي جرت أثناء مسيرة للإخوان في شارع البحر الأعظم بالجيزة في 16 يوليو 2013، للمطالبة بعودة مرسي إلى الحكم. كما أصدرت ضده محكمة جنايات شبرا الخيمة، حكمًا بالمؤبد و36 متهمًا، في قضية قطع الطريق الزراعي بقليوب، التي أسفرت عن مقتل 2 وإصابة 35 آخرين، في 5 يوليو 2014، فضلًا عن حكم محكمة جنايات الجيزة، في 30 أغسطس 2014، بالسجن المؤبد على 8 من بينهم بديع، في قضية "أحداث مسجد الاستقامة". فيما قضت محكمة جنايات القاهرة بالسجن المؤبد للمرشد العام للإخوان، و13 آخرين من قيادات الجماعة، بقضية "أحداث مكتب الإرشاد"، في 28 فبراير 2015، فيما أصدرت جنايات القاهرة، بالسجن لبديع و21 آخرين سنة مع الشغل، فى 30 إبريل 2014، بعد إدانتهم بإهانة القضاء خلال محاكمتهم مع محمد مرسي في قضية "اقتحام سجون" أثناء أحداث ثورة 25 يناير. بينما ينتظر بديع، الأحكام في قضايا أخرين، هم أحداث شغب محافظة الإسماعيلية و104 آخرين، وأخرى لاقتحام قسم شرطة العرب، والتي تنظرها محكمة جنايات بورسعيد. وقال الدكتور محمود كبيش عميد كلية الحقوق السابق، إن كافة الإعدامات التي صدرت ضده ليست نهائية، حيث تصبح باتة حينما لا تكون جائزة للطعن عليها بأية طريقة، مشيرًا إلى أنه في حال صدور أي حكم نهائي ضد المرشد العام ينفذ فور صدوره ضده سواء كان بالسجن أو الإعدام. وتابع كبيش، في تصريح ل"الوطن"، أن مصير محمد بديع مازال متروكًا أمام القضاء لوجوده على ذمة عددًا من القضايا، فضلًا عن أنه لم يصدر بحقه حكمًا نهائيًا باتًا في أي منهم بعد، مضيفًا أنه في حال تنفيذ حكم الإعدام ضد بديع ستسقط كافة الدعاوي ضده لوفاته.
