التحريض على قتل متظاهرين أمام قصر الاتحادية، في نهاية عام 2012، وأثناء فترة حكمه، تلك هي التهمة الأساسية الموجهة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي الذي يمثل مرة أخرى أمام منصة القضاء، للنطق بالحكم في القضية المعروفة إعلاميًا ب"أحداث الاتحادية"، والتي يحاكم فيها هو و14 متهمًا آخر، ويرأسها المستشار أحمد صبري يوسف. بعيدًا عن أقلام وكاميرات الصحافة، وفي جلسات سرية، استمعت المحاكمة إلى أقوال 52 شاهدًا، أبرزهم وزير الداخلية الأسبق اللواء أحمد جمال الدين، واللواء محمد أحمد زكي، قائد الحرس الجمهوري السابق، وبعض كبار الضباط ومأموري أقسام الشرطة، وأسامة الجندي، واللواء أحمد فايد، واللجنة الطبية التي شرحت جثث الضحايا، وأبرز الشهود الذين أثروا في مجرى القضية هو قائد الحرس الجمهوري اللواء محمد أحمد زكي، والذي نشرت عدد من وكالات الأنباء نص شهادته، وأدان فيها المعزول، وحمله مسؤولية سقوط قتلى ومصابين في أحداث الاتحادية. وأكد زكي، خلال شهادته في القضية، أن مرسي كان يردد دائمُا أنه "لا يريد دم ولا قتلى" خلال فض اعتصام معارضيه أمام قصر الاتحادية، إلا أنه أرجع سبب موقف مرسي السابق، إلى "إخلاء مسؤوليته حال مساءلته عن تلك الأحداث"، وأنه كان بإمكان مرسى منع وقوع الاشتباكات، التى أدت إلى سقوط قتلى وجرحى، إذا طلب من المختصين منع وصول عناصر الإخوان للقصر، أو طلب منهم ذلك. شهادة وزير الداخلية الأسبق أحمد جمال الدين، كانت هي الأخرى من أكثر الشهادات خطورة، وأثرت على مجرى القضية، بعدما أكد فيها أنه كانت هناك معلومات تؤكد على سلمية المظاهرات في الاتحادية، ولم يكن هناك أي نية لاقتحام القصر، وأصدر تعليماته لقوات الأمن بعدم الاحتكاك مع المتظاهرين أو استخدام العنف، قبل أن يتلقى اتصالًا من المعزول، يعلن فيه عن غضبه من وصول المتظاهرين للقصر دون تدخل قوات الشرطة. فيما أدلى خالد عبدالحميد، قائد قوات تأمين رئيس الجمهورية والشاهد الرابع في القضية، بأقواله في القضية، والتي كشفت عدد من الحقائق، إضافة إلى شهادة ياسر حسن عويضة، رئيس أمن مجموعة تأمين مقر الرئاسة، وأسامة حسين المتولي، رئيس الإدارة المركزية لأمن رئاسة الجمهورية والشاهد الثامن، ومينا فيليب أحد المتظاهرين الذين تعرضوا للاعتداء من قبل الإخوان.