بدأت الأجهزة الأمنية والسيادية إجراء تحريات واسعة حول نشاط محمد الظواهري، القيادي الجهادي، شقيق زعيم تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، خلال الفترة السابقة للقبض عليه. وقالت مصادر سيادية ل"الوطن": إن "الظواهري" اتصل بشقيقه أكثر من مرة ونسق معه لدعم عمليات العنف بسيناء، واستهداف قوات الجيش والشرطة هناك، وإنه استقبل عناصر من تنظيم القاعدة، في أكثر من مكان تابع له، موضحاً أن الأجهزة رصدت شراء أسلحة لتنفيذ عمليات ممنهجة بسيناء، لافتة إلى أنه أحد الممولين الرئيسيين للعمليات. وأضافت المصادر أن "الظواهري" استضاف عناصر قادمة من باكستان وأفغانستان شاركت في أحداث رمسيس، وخططت لمهاجمة الأقسام والمنشآت، لافتة إلى أنه كان على اتصال ب"ناصر الحويشي"، قائد تنظيم القاعدة بالمنطقة العربية. وأوضحت أن "الظواهري" هو حلقة الوصل بين عناصر تنظيم القاعدة والجماعات الإسلامية والتكفيرية، وأن شقيقه أيمن الظواهري دعمه بالأموال لتنفيذ العمليات بسيناء، وأنه استخدم وسائل اتصالات مشفرة للتواصل مع أعضاء القاعدة بالخارج. وكشفت المصادر أن جهاز "لاب توب" خاص بمحمد الظواهري، مسجل عليه أرقام هواتف خاصة بعناصر غير مصرية موجودة بالقاهرة، بجانب رسومات وبيانات خاصة بمنشآت مهمة، إضافة إلى صور لأنواع مختلفة من الأسلحة وصور عناصر جهادية موجودة بالقاهرة. وقالت المصادر: "الظواهري متورط في عمليات العنف برابعة العدوية، بتوجيه عناصر جهادية وتكفيرية للاعتصام، استهدفوا القوات وقت فض الاعتصام، كما خطط لعمليات إرهابية بسيناء، من خلال خرائط وُجدت بحوزته، كما خطط لاستهداف السياح من مختلف الجنسيات"، موضحة أن الأجهزة السيادية علمت أن "الظواهري" وضع خطة، من خلال عناصر تابعة له تسللت للقاهرة، للرد على عزل "مرسي"، بالتصعيد ضد قوات الجيش والشرطة، وأن هناك وثائق تؤكد أنه عمل على تكفير الجيش والشرطة، بجانب تواصله مع عناصر الجماعات الإسلامية بأسيوط ومحافظات الصعيد، لإشاعة الفوضى هناك، واستهداف الكنائس والأمن. وكشفت المصادر عن أن عناصر إرهابية مفرج عنها بعفو رئاسي أيام "مرسي" تواصلت مع "الظواهري" أكثر من مرة، للمشاركة في العنف، ونسقت معه للتحرك في 30 يونيو في سيناء لتنفيذ عمليات إرهابية. وأضافت المصادر أن التحريات جارية لكشف المتورطين مع "الظواهري"، ومصادر تمويلها، لافتة إلى أن السلفية الجهادية تخطط للرد على اعتقال شقيق زعيم "القاعدة"، بعمليات خطف وقتل بسيناء، وتستعد للتصعيد ضد الجيش والشرطة.
