طالبت السلفية الجهادية تنظيم الإخوان بالتخلي عن مسؤولية البلاد لأنهم منحرفين عقائديا وأن تتحمل التيارات الإسلامية على رأسهم السلفية الجهادية المسؤولية. وقال الدكتور محمد الظواهري، في تغريدات له عبر حسابه الرسمى على "تويتر"، إن "أفضل ما أنتجته الأزمة الحالية في مصر هو توحيد صف المسلمين من كل التيارات والحركات الإسلامية، فلقد شعر الجميع أن الخطر يهاجم أصل عقيدتهم الإسلامية وهذا ما كان يحاول أعداء الإسلام إخفاءه دائما، ولكن للأسف فإن بعض من يتصدر للريادة والقيادة ليسوا على مستوى المرحلة". وأضاف أن "البعض لا يستطيع صياغة مطالب الجماهير المسلمة في أهداف صحيحة وهو دور القادة من العلماء وأهل الرأي وينحرف بهم نحو أهداف ثانوية أو حزبية، أو عصبية ضيقة فمطلب الجميع والمطلب الشرعي والصحيح هو التطبيق الكامل والفوري للشريعة، والبعض الآخر ممن يتصدى للقيادة بعد أن يفشل في تحديد الأهداف الصحيحة يفشل في وضع الوسائل المناسبة للمرحلة فيضع اللين في موضع الحزم أو العكس، فعلى من وضع في موضع القيادة أن يكون على مستوى المرحلة فلا يقدم العصبية أو الحزبية على أحكام الشريعة، ولا الخوف على النفس أو الجماعة على مصلحة الأمة ومن لا يكون أهلا لذلك فعليه ترك القيادة لمن هو أهل لها". واختتم بقوله "ليس من باب المنازعة في ذلك ولكن من باب النصيحة فإن عجزوا فعليهم أن يعلموا أنها أمانة وتضييعها مسؤولية يوم القيامة، فضلا عن كونها إسقاطا لهم كقيادات فالأهم أنهم سيضيعون على الأمة فرصة قد لا تتكرر".