تخطت الانتهاكات التى شهدتها المرحلة الثانية من الاستفتاء، تصورات «المتشائمين» من عملية الاستفتاء، لتصل إلى إلقاء أوراق الاستفتاء فى «حمامات» المدارس، فضلا عن حدوث حالات تحرش للناخبات فى عدد من اللجان، ومنع المعاقين من التصويت. ورصدت حملة «راقب يا مصرى»، التى تضم 13 منظمة حقوقية، عثور مراقبين تابعين ل«جبهة الإنقاذ الوطنى»، على أوراق الاستفتاء فى «حمامات» مدرسة صلاح الدين الابتدائية بمصر الجديدة. وأشار التقرير إلى قيام عضوين بالجمعية التأسيسية، بتوجيه الناخبين للتصويت ب«نعم» بمدرسة كفرشبين الإعدادية بنات لجنة 34، ولجنة مدرسة طبهار الابتدائية بمركز أبشواى، فضلا عن منع المعاقين من التصويت فى مدرسة الأهرام الإعدادية بنات. وقال المجلس القومى لحقوق الإنسان، فى تقريره النهائى، إنه تلقى أكثر من 700 شكوى عن الانتهاكات تضمنت تأخر فتح مقار اللجان، بالإضافة إلى التأثير على إرادة المصوتين داخل للجان وخارجها، وتسويد للبطاقات. فيما كشف تقرير صادر عن التيار الشعبى المصرى، قيام أعضاء من الحرية والعدالة، الذراع السياسية للإخوان، بنقل صناديق الاستفتاء فى لجنتى 12 و13 بمدرسة إصلاح الحامول الإعدادية بكفرالشيخ، فى سيارات إلى جهة غير معلومة، وتم تحرير محضر بالواقعة. وأشارت حركة «فؤادة ووتش» إلى محاصرة مراقبين «شايفنكم» فى المنيا، ومنهم الإعلامية جميلة إسماعيل، وفريق تصوير قناة «القاهرة والناس»، داخل أوتوبيس فى مدرسة فى قرية طمبو ببنى مزار، فضلا عن حدوث حالات تحرش ضد الناخبات، بحسب شكاوى تلقاها المجلس القومى للمرأة. من جانبه، قال المهندس محمود عامر، عضو الهيئة العليا لحزب الحرية والعدالة، ونائب الأمين العام بالجيزة، إن من لديه إثبات واضح للتزوير يتقدم به للنيابة، ولم نزور لصالحنا أو ضد غيرنا، ونعمل بقاعدة أن الغاية والوسيلة لابد أن تكونا مشروعتين.