دائما ما يتردد الوزراء وكبار المسئولين للصلاة بمسجد محمد علي باشا بالقلعة، حيث كان اخر زواره 6 من الوزراء، بينهم الدكتور مختار جمعة وزير الاوقاف الذي القي خطبة الجمعة بداخله اليوم. ظلت القلعة منذ أنشأها صلاح الدين الأيوبي مقرًا للحكم في الدولة الأيوبية ودولة المماليك، وفى عهد الولاة العثمانيين ثم في عهد الأسرة العلوية، واستمرت كذلك إلى عصر الخديوي إسماعيل حيث اتخذ قصر عابدين العامر مقرًا للملك. وقد أخذ محمد على الكبير رأس الأسرة العلوية المصرية ومؤسس مصر الحديثة، بعد أن قام بإصلاح أسوار القلعة، بإنشاء القصور والمدارس ودواوين الحكومة بها، وتوج منشآته هذه بإنشاء مسجده الذي يشرف على مدينة القاهرة بقبابه ومآذنه. وقد شرع في إنشائه سنة 1246 هجرية 1830م على أطلال أبنية قديمة مخلفة من مباني المماليك وتمت عمارته في سنة 1265 هجرية 1848م، وفي عهد عباس باشا الأول تمت نقوشه وزخارفه. وقد بنى هذا المسجد على نسق المساجد العثمانية المشيدة في إستانبول، وتخطيطه مربع الشكل طول ضلعه 41 مترا، تغطيه في الوسط قبة كبيرة قطرها 21 مترا وارتفاعها 52 مترا محمولة على أربعة عقود كبيرة مرتكزة على أربعة أكتاف ضخمة، وحول هذه القبة أربعة أنصاف قباب، في كل جهة نصف قبة، وتغطى أركان المسجد أربع قباب صغيرة، ذلك عدا نصف قبة أخرى تغطى بروز القبلة الناتئ من الجنب الشرقى للمسجد. ويكسو جدرانه من الداخل والأكتاف الأربعة
بارتفاع 11.30 متر كسوة من المرمر تعلوها نقوش ملونة، ويحلى القباب وأنصاف القبة زخارف بارزة منقوشة ومذهبة. وفى الجهة الغربية من المسجد تقوم دكة المبلغ وهي محولة على أعمدة وعقود من المرمر، واتخذ درابزينها ودرابزينات ممرات القباب من البرنز المشغول. وفى الركن الغربي القبلى منه يقع قبر محمد على الكبير تعلوه تركيبة رخامية مدقوق بها زخارف وكتابات جميلة، ويحيط به مقصورة من البرونز المشغول بشكل بديع، أمر بعملها عباس باشا الأول. بدأ العمل بإنشاء الجامع عام 1830 وتواصل العمل بلا انقطاع حتى وفاة محمد علي باشا سنة 1845، حيث دفن في المقبرة التي كان قد أعدها لنفسه. في عهد الخديو عباس باشا الأول تم إتمام أعمال النقش بالبوابات وأعمال الرخام، كما أمر بتعيين القراء ورصد الخيرات على الجامع. في عهد سعيد باشا تم عمل احتفالات رسمية لمدة خمس ليال من كل عام وهي
: ليلة الاسراء والمعراج، ليلة النصف من شعبان، ثم ثلاث ليال من شهر رمضان هي ليلة 13 ذكري وفاة محمد علي باشا، وليلة 14 رمضان حين تم دفنه ،وأخيرا ليلة القدر.
في عهد الخديو إسماعيل تم عمل أبواب نحاسية جديدة للجامع وأحاطه بالأسوار وأنشأ له دورة مياه. في عصر الملك فؤاد قامت لجنة حفظ الآثار المصرية العربية بإزالة القبة الكبيرة وما حولها من قباب صغيرة ليعاد بناءها مرة أخرى مع مراعاة الأبعاد المعمارية الأصلية من حيث التصميم والزخارف. وصف المسجد المسجد في مجموعه مستطيل البناء وينقسم إلى قسمين :القسم الشرقى وهو المعد للصلاة ،والغربي وهو الصحن تتوسطه فسقية الوضوء، وبكل من القسمين بابان متقابلان أحدهما قبلى والاخر بحرى فالقسم الشرقى مربع الشكل طول ضلغه من الداخل 41مترا تتوسطه قبة مرتفعة قطرها 21مترا وارتفاعها 52مترا عن مستوى أرضية المسجد محمولة على أربعة أكتاف مربعة يحوطها أربعة أنصاف قباب ثم نصف قبة خامس يغطى بروز المحراب وذلك خلاف أربع قباب أخرى صغيرة بأركان المسجد. وقد كسيت جدران المسجد من الداخل والخارج بالرخام الابستر المستورد من محاجر بنىسويف وكذلك الاكتاف الاربعة الداخلية الحاملة للقبة وقد كسبت جميع جدران المسجد أعلى الكسوة الرخامية من الداخل ببياض حلى بنقوش ملونة مذهبة.أما القبة الكبيرة وأنصاف القباب فقد حليت بزخارف بارزة ملونة مذهبة.
والقسم الثاني وهو الصحن تتوسطه فسقية الوضوء، وبمؤخرة برج الساعة التي أهداها لويس فيليب مللك فرنسا إلى محمد على سنة 1845م. وللمسجد منارتان رشيقتان بارتفاع 84 مترا عن مستوى أرضية الصحن. والمنبر الأصلى للمسجد هو المنبر الكبير المصنوع من الخشب المحلى بزخارف مذهبة، أما المنبر المرمرى الصغير الواقع إلى يسار المحراب، فقد أمر بعمله حضرة صاحب الجلالة الملك فاروق في سنة 1358 هجرية = 1939م. ويضاء المسجد بالثريات البلورية الجميلة تحيط بها مشكاوات زجاجية نسقت بأشكال بديعة. ويقوم على طرفى الجنب الغربي للمسجد منارتان رشيقتان أسطوانيتا الشكل بنيتا أيضا على طراز المآذن التركية، وارتفاع كل منهما 82 مترا من الأرض. وللمسجد ثلاثة أبواب أحدها في
منتصف الجنب البحرى، والثانى في مقابله في منتصف الجنب القبلى، والثالث في منتصف الجنب الغربي، ويؤدى إلى صحن متسع مساحته 53 في 53 مترا يغلف جدرانه
كسوة من المرمر، ويحيط به أربعة أروقة عقودها وأعمدتها من المرمر أيضا، وبوسطه مكان الوضوء وهو عبارة عن قبة محمولة على ثمانية أعمدة لها رفرف محلى بزخارف بارزة مذهبة، كما أن باطن القبة محلى بنقوش ملونة ومذهبة تمثل مناظر طبيعية، والقبة مكسوة كقباب المسجد بألواح من الرصاص وبأسفلها صهريج المياه وهو مثمن تغطيه قبة صنعت جميعها من المرمر المدقوق بزخارف بارزة. ويقوم أعلى منتصف الرواق الغربي للصحن برج من النحاس المزخرف بداخله ساعة دقاقة أهداها ملك فرنسا لويس فليب إلى المغفور له محمد على سنة 1845م.
