دعا زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري في رسالة صوتية نشرت على الانترنت إلى وقف القتال بين "أخوة الجهاد والإسلام" في سوريا، وذلك بعد احتدام القتال بين الفصائل المعارضة بحسب ما أفادت الوكالة الفرنسية. ووجه الظواهري في رسالته التي تتزامن مع انطلاق مؤتمر جنيف 2، نداءا إلى "كل المجموعات الجهادية ... وكل حر في الشام يسعى لاسقاط حكم الأسد"، وقال "ندعوهم جميعا لأن يسعوا إلى ايقاف القتال بين أخوة الجهاد والإسلام فورا". ودعا الظواهري هذه الفصائل إلى "إيقاف هذه الفتنة" معتبرا أن "أخوة الإسلام التي بيننا هي اقوى من كل الروابط التنظيمية الزائلة والمتحولة"، مشدداً "وحدة صفكم فوق الانتماء التنظيمي والعصبية الحزبية". كما قال زعيم تنظيم القاعدة أنه يمكن أن "يضحى بهذه الروابط إذا تعارضت من تآلفكم ووحدتكم واصطفافكم في صف واحد ... لمواجهة عدوكم العلماني الطائفي الذي تدعمه القوى الرافضية الصفوية وروسيا والصين وتتواطأ معه القوى الصليبية". وخلص إلى القول "نعتبر التنظيمات الجهادية هم اخواننا الذين لا نقبل أن يوصفوا بالردة والكفر". ودارت معارك عنيفة منذ مطلع الشهر بين تشكيلات من المقاتلين المعارضين وعناصر الدولة الإسلامية في العراق والشام المرتبطة بالقاعدة في مناطق واسعة من شمال سوريا. وشاركت جبهة النصرة التي سبق أن اعتبرها الظواهري ممثل تنظيم القاعدة في سوريا، إلى جانب مقاتلي المعارضة المؤلفين من "الجبهة الإسلامية" و"جيش المجاهدين" و"جبهة ثوار سوريا" في بعض هذه المعارك ضد تنظيم الدولة الإسلامية، في حين تبقى على الحياد في مناطق أخرى. وتأسست جبهة النصرة في يناير 2012 وتبنت العديد من الهجمات التي استهدفت مراكز عسكرية وأمنية تابعة للنظام السوري. ورفضت الجبهة في أبريل 2013 إعلان أبو بكر البغدادي، زعيم الفرع العراقي لتنظيم القاعدة، دمج "دولة العراق الإسلامية" والجبهة تحت مسمى "الدولة الإسلامية في العراق والشام". ودعا زعيم "الدولة الإسلامية في العراق والشام" أبو بكر البغدادي الأحد الفصائل المسلحة التي تقاتل ضد تنظيمه إلى الصلح والتفرغ لقتال "النصيرية والروافض"، في إشارة إلى النظام السوري، وذلك في تسجيل صوتي بثته مواقع جهادية.