شهدت لجنة السلطة القضائية المنبثقه من لجنة نظام الحكم بتأسيسية الدستور أزمة حادة خلال صياغة البنود الخاصة بالمؤسسات القضائية في الدستور الجديد وذلك بعدما رفض أعضائها بالأغلبية اقتراح ممثل المجلس العسكري اللواء ممدوح شاهين بدمج القضاءالعسكري في القضاء العادي وأن يتم تحديد اختصاصات القضاء العسكري في باب السلطة القضائية بدلا من الباب الثاني بالدستور والخاص بالقوات المسلحة وحذر بعض الاعضاء شاهين بأنه ليس ممثلا للمجلس العسكري بتأسيسية الدستور وهو ما دفع شاهين لمغادرة الاجتماع منفعلا. وأكد المستشار تيمور مصطفى كامل أن القضاء العسكري سيظل في باب القوات المسلحة باعتباره قضاء خاص ولا يختص الا بمحاكمة العسكريين فقط دون المدنيين لافتا الى انه تم الغاء اي سلطات لتعيين رئيس الجمهورية للنائب العام وتم النص على ان تكون السلطات القضائية مستقلة وجمعيتها العمومية مختصة باختيار رئيسها ، وأوضح انه تم النص على انشاء جهاز جديد للشرطة القضائية لتنفيذ الاحكام . وتضمنت اقتراحات اخرى النص على أن اعضاء الهيئات القضائية غير قابلين للعزل وينظم القانون مساءلتهم تأديبيا ولهم كافة الضمانات والحقوق والمزايا المادية والعينية “، ونص مقترح يتضمن “مجلس الدولة سلطة قضائية مستقلة لها الحق فى الفتوى والتشريع ويختص بالفصل فى المنازعات الادارية وفى الدعاوى التاديبية.