شهدت لجنة السلطة القضائية المنبثقه من لجنة نظام الحكم بتأسيسية الدستور أزمة حادة خلال صياغة البنود الخاصة بالمؤسسات القضائية في الدستور الجديد.. جاء ذلك بعدما رفض أعضاؤها بالأغلبية اقتراح ممثل المجلس العسكري اللواء ممدوح شاهين بدمج القضاء العسكري في القضاء العادي، وأن يتم تحديد اختصاصات القضاء العسكري في باب السلطة القضائية بدلا من الباب الثاني بالدستور والخاص بالقوات المسلحة، وحذر بعض الاعضاء شاهين بأنه ليس ممثلا للمجلس العسكري بتاسيسية الدستور، وهو ما دفع شاهين لمغادرة الاجتماع منفعلا. وأكد المستشار تيمور مصطفى كامل أن القضاء العسكري سيظل في باب القوات المسلحة باعتباره قضاءً خاصًا، ولن يختص الا بمحاكمة العسكريين فقط دون المدنيين، لافتا الى انه تم إلغاء اي سلطات لتعيين رئيس الجمهورية للنائب العام، وتم النص على ان تكون السلطات القضائية جميعا مستقلا وجمعيتها العمومية مختصة باختيار رئيسها، وأوضح انه تم النص على ان انشاء جهاز جديد للشرطة القضائية لتنفيذ الاحكام. كما استمر الخلاف حول تطبيق الرقابة السابقة على المحكمة الدستورية العليا، أكدت مذكرة تقدم بها المستشار عوض المر الرئيس الاسبق للمحكمة الدستوريه ان الرقابة السابقة للمحكمة لا تصلح فى الدول النامية وتظل معيبة فى جوهرها ومحدودة الأثر.. ولفت الى ان نجاحها محدود فى الجزائر والمملكة المغربية وموريتانيا، حمل اقتراح تقدم به المستشار نور الدين محمد عضو الجمعية التأسيسية انشاء نيابة مدنية تكون بديلا عن هيئة قضايا الدولة وتتبع المجلس الاعلى للقضاء، على ان ينص عليه فى باب الاحكام الانتقالية، وأشار نور الدين الى ان إلغاء هيئة قضايا الدوله وتوزيع القضاة على هيئات القضاء العادى أفضل لتسيير العمل القضائى. وبيّن أن هذه الهيئة وظيفتها الدفاع عن الدولة.. وهو اختصاص اصيل للشئون القانونية فى اى وزارة.. وتضمنت اقتراحات اخرى هى: "أعضاء الهيئات القضائية غير قابلين للعزل وينظم القانون مساءلتهم تأديبيا ولهم كل الضمانات والحقوق والمزايا المادية والعينية"، والنص المقترح يتضمن: "مجلس الدولة سلطة قضائية مستقلة لها الحق فى الفتوى والتشريع ويختص بالفصل فى المنازعات الادارية وفى الدعاوى التاديبية". وطالب اقتراح هيئة قضايا الدولة أن تكون هيئة مستقلة قائمة بذاتها تتولى دون غيرها سلطة الادعاء العام المدنى والنيابة القانونية عن الدولة ويحدد القانون اختصاصاتها الاخرى ويطالب التعديل بأن تتولى هيئة قضايا الدولة سلطة الادعاء العام المدنى بوصفها إداة مهمة للحماية القانونية للحقوق المدنية العامة على حد وصف المقترح. وأضاف المقترح: "نستهدف حماية الجهاز الادارى من الفساد"، وقدمت النيابة الإدارية مذكرة للعرض على الجمعية التأسيسية للدستور الجديد للبلاد اقترحت فيها نصا نهائيا النيابة الادارية: "هيئة قضائية مستقلة تتولى مباشرة الدعوى التأديبية أمام المحاكم التأديبية بمجلس الدولة ومكافحة الفساد المالى والادارى والتحقيق والتصرف فى المخالفات المالية والادارية ويحدد القانون اختصاصاتها الأخرى".
