ادانت المنظمات الحقوقية التعديلات التي اقرها مجلس الشعب علي قانون القضاء العسكري التي اعتبرت أنه لا يمنع محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري. وقال الناشط الحقوقي عادل رمضان عضو المبادرة المصرية للحقوق الشخصية أن التعديل الذي أدخل على القانون شكلي ولم يغير شيئاً في ما يتعلق بمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، معتبراً أن التعديل جاء لمصلحة احزاب معينة؛ إذ إنه يفتح باب الطعن بالنقض على الأحكام التي صدرت ضد إسلاميين في عهد حسني مبارك. وقالت ممثلة منظمة "هيومن رايتس ووتش" في مصر هبة مريف أن توقيت إصدار القانون مثير للقلق خصوصاً أن هناك قرابة 300 شخص محتجزين على ذمة التحقيقات بعد أحداث العنف التي وقعت في العباسية بالقرب من مقر وزارة الدفاع الجمعة وأوقعت قتيلين ومئات الجرحى. وأضافت مريف أن التعديلات تحدّ من سلطة رئيس الجمهورية في إحالة المدنيين الى القضاء العسكري لكنها تبقي على حق العسكريين في محاكمة المدنيين امام محاكم عسكرية. واعتبرت مريف أن البرلمان فشل في الاستجابة لمطلب رئيسي من مطالب الثورة التي أطاحت بنظام الرئيس السابق حسني مبارك العام الماضي وهي إنهاء محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري. وقالت عضو منظمة هيومن راتس ووتش ان الغاء تعديل المادة السادسة من قانون القضاء العسكري التي تمنح رئيس الجمهورية سلطة إحالة المدنيين الى القضاء العسكري الا انه يبقي على اختصاص القضاء العسكري في محاكمة المدنيين بموجب المادة 48، وتنص المادة 48 بعد تعديلها على أن السلطات القضائية العسكرية تختص دون غيرها في الفصل في الجرائم الداخلة في اختصاصها. وسيحال تعديل القانون الى المجلس العسكري للتصديق عليه قبل ان يدخل حيز التنفيذ، غير أنه من المتوقع أن يمرره إذ شارك أحد أعضاء المجلس العسكري، وهو اللواء ممدوح شاهين، في مناقشة القانون في مجلس الشعب.