تثير قضية وجود النبي موسى في مصر جدلًا كبيرًا في الأوساط العلمية والدينية، وذلك بعد أعلان الدكتور زاهي حواس، عالم المصريات ووزير الآثار الأسبق، أنه لا توجد أدلة مادية تثبت وجود موسى في مصر، وأنه من وجهة نظر علمية بحتة، لا توجد معلومات تؤكد وجوده في مصر. وفي مقابلة هاتفية مع الإعلامي سيد علي، أشار حواس إلى أنه تم اكتشاف 30% فقط من الآثار المصرية، في حين يظل 70% منها تحت الأرض، ومن الممكن أن تظهر معلومات في المستقبل تثبت وجود موسى في مصر. من ناحيته، أكد الدكتور أيمن فؤاد، أستاذ التاريخ بجامعة الأزهر، أن الدليل على وجود موسى في مصر يأتي من الكتب المقدسة، بما في ذلك القرآن الكريم والإنجيل والتوراة. وأوضح فؤاد أنه ليس فقط موسى، بل جميع الأنبياء والرسل، لا توجد أدلة مادية واضحة على وجودهم في أماكن محددة، وذلك لأنهم ليسوا زعماء سياسيين. وأضاف أستاذ التاريخ بجامعة الأزهر أن وجود اليهود وانتشار ديانتهم في التاريخ المصري يعد دليلًا ماديًا مع ما جاء في القرآن الكريم عن وجود موسى في مصر. وفي موقعها الرسمي على الإنترنت، ذكرت دار الإفتاء أن النبي موسى عاش في مصر وعاصر اثنين من الفراعنة. واستشهدت بالشيخ رشيد رضا الذي يرجح أن فرعون موسى هو "منفتاح"، وقد ورد في المتحف المصري أثر يشير إلى بني إسرائيل ويرجح المفسرون أن فرعون الذي عاصر نبي الله موسى هو الملك رمسيس الثاني. وفي فيديو للدكتور محمد وسام، أمين الفتوى بدار الإفتاء، أكد أن النبي موسى عاش في مصر وتلقى رسالته من فوق جبل الطور في سيناء.
