طالب المركز العربى لاستقلال القضاء والمحاماة محمد مرسي رئيس الجمهورية ،بديموقراطية والحرية المجتمع المصرى بطريقة آمنة وسلمية ، من خلال تبنى برامج وآليات العدالة الانتقالية . وأشارالمركز الى أن برامج وآليات العدالة الانتقالية أشمل وأعم من مجرد التعاطى مع ملفات الفساد المالى والاقتصادى ومحاولات استرداد الأموال المنهوبة ، التى يستطيع الجهاز القضائي بالدولة التعامل معها ، على خلاف برامج وآليات العدالة الانتقالية التى تعنى بملفات الماضي والتعامل مع الجرائم الأشد خطورة ، المتمثلة في القتل خارج نطاق القانون والتعذيب والاختفاء القسري ، وتستهدف كشف الحقيقة ، وتعويض الضحايا ، بغية تصفية هذه الملفات وملاحقة ومساءلة المتورطين في هذه الانتهاكات ، وهى ملفات من الصعوبة والتعقيد بحيث تستدعى انشاء هيئة مدنية مستقلة بمكون قضائي .
ويناشد المركز الرئيس ، السعى من أجل إصدار تشريع بإنشاء هيئة الحقيقة والمساءلة ، تتبنى تطبيق مبادئ العدالة الانتقالية باعتبارها الطريق الامن والمحدد من اجل العبور من الاستبداد وآثاره، الذي شهدته الحقبة الماضية ، الى الديمقراطية والحرية التى من أجلها قامت ثورة 25 يناير . ، الأمر الذي سوف يكون له أثره البالغ في محاكمات حقيقية عادلة وناجزة للمتورطين في انتهاكات الماضي ، وكذلك تعويض شهداء ومصابى الثورة ، وتخليد ذكرى الشهداء ومعرفة الحقيقة وضمان عدم تكرار ما سبق من انتهاكات جسيمة لحقوق الانسان في مصر .
واشار المركز ايضا أن هناك العديد من التجارب الدولية ، والتى تتشابه مع الحالة المصرية ، والتى تمثل الحل العملى فيها ، للانتقال الآمن من خلال الاصلاح المؤسسى والذى والمتمثل فى إصلاح كافة مؤسسات الدولة بما يؤدى الى تهيئة مناخ سياسي واقتصادي داعم للتقدم على كافة المستويات المحاسبة والمتمثلة فى محاسبة كافة رموز النظام السابق فى كافة قطاعات الدولة عن كافة المخالفات والجرائم الجسيمة التى تمت على مدار الفترة من عام 1981 حتى الان، على ان تكون المحاسبة بعد اجراء الاصلاح المؤسسى ، بمحاكم مستقلة وقوانين تتوافر لها الضمانات التى تؤدى الى معرفة الحقيقة المتمثلة فى اطلاع الشعب المصرى على كافة الحقائق الخاصة بالنظام السياسى فى مصر عبر تشكيل لجان الحقيقة التى تتولى البحث مع آليات العدالة لمعرفة حقيقة ما حدث من انتهاكات جسيمة ، حتى يمكن تقييم التجربة سياسيا بشكل كامل وتجنب تلك الاخطاء حتى لا تقع فيها الجمهورية الناشئة بعد ثورة 25 يناير. بالاضافة إلى تعويض الضحايا و ليس ضحايا الثورة الذين اصيبوا منذ اندلاع الثورة حتى الان فقط، ولكن كل من تعرض للاضطهاد او التعذيب او اى صورة من صور انتهاك حقوق الانسان وفقا للشرعة الدولية لحقوق الانسان ، والمتمثلة فى الاعلان العالمى لحقوق الانسان والعهد الدولى الخاص بالحقوق المدنية والسياسية والعهد الدولى الخاص بالحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية ، وعدم التعامل معهم على انهم ضحايا حوادث او كوارث ولكن النظر اليهم كابطال لمرحلة ثورية .
