طالب المركز العربي لاستقلال القضاء والمحاماة، الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية بالاضطلاع بمسئولياته بشأن انتقال آمن للمجتمع المصري إلى الديمقراطية والحرية بطريقة آمنة وسلمية، من خلال تبني برامج وآليات العدالة الانتقالية، وإصدار تشريع بإنشاء هيئة الحقيقة والمساءلة، تتبنى تطبيق مبادئ العدالة الانتقالية باعتبارها الطريق الآمن والمحدد من أجل العبور من الاستبداد وآثاره، الذي شهدته الحقبة الماضية، إلى الديمقراطية والحرية التي من أجلها قامت ثورة 25 يناير. وتهدف الهيئة إلى القيام بتحقيق محاكمات حقيقية عادلة وناجزة للمتورطين في انتهاكات الماضي، وكذلك تعويض شهداء ومصابي الثورة، وتخليد ذكرى الشهداء ومعرفة الحقيقة، وضمان عدم تكرار ما سبق من انتهاكات جسيمة لحقوق الإنسان في مصر. وأوضح المركز، في بيان له، أن برامج وآليات العدالة الانتقالية أشمل وأعم من مجرد التعاطي مع ملفات الفساد المالي والاقتصادي ومحاولات استرداد الأموال المنهوبة، التي يستطيع الجهاز القضائي بالدولة التعامل معها، على خلاف برامج وآليات العدالة الانتقالية التي تعني بملفات الماضي والتعامل مع الجرائم الأشد خطورة، المتمثلة في القتل خارج نطاق القانون والتعذيب والاختفاء القسري، وتستهدف كشف الحقيقة، وتعويض الضحايا، بغية تصفية هذه الملفات وملاحقة ومساءلة المتورطين في هذه الانتهاكات، وهي ملفات من الصعوبة والتعقيد بحيث تستدعي انشاء هيئة مدنية مستقلة بمكون قضائي.