اتفقت حكومة جنوب السودان، مع المعارضة بقيادة رياك مشار، على وجود جيشين بقيادتين منفصلتين عند تشكيل حكومة وحدة وطنية في الفترة الانتقالية، التي تهدف إلى إنهاء الحرب الأهلية الدائرة حاليا بالدولة الوليدة. وأكد العقيد جيمس داك المتحدث باسم قوات مشار-وفقا لصحيفة "سودان تربيون" اليوم الاثنين-أن رئيس جنوب السودان سلفاكير ميارديت، وقائد المعارضة رياك مشار، والذي سيتولى وفقا للاتفاق منصب رئيس الوزراء، سيقودان قوتين منفصلتين تمثل إحداهما القوات الحكومية والأخرى المقاومة . وأوضح جيمس داك، أن سلفاكير سيكون القائد العام للقوات المسلحة لجنوب السودان، ومشار سيكون القائد العام لجيش المقاومة، وقال "إن هذه الخطوة ستدخل حيز التنفيذ قبل بدء الفترة الانتقالية وستستمر عند الفترة الانتقالية حتى تتم عملية دمج الجيشين" وتابع "إن آلية دمج الجيشين لم يتم التوصل إليها حتى الآن". كما اتفق الطرفان على أن يعين الرئيس سلفاكير الوزراء ومستشاري الرئيس بعد التشاور مع رئيس الوزراء مشار وموافقته وفقا للاتفاقية، كما سيرأس الرئيس مجلس الدفاع الوطني ومجلس الأمن الوطني وينوب عنه في ذلك رئيس الوزراء. وتنص بنود ما اتفق عليه أن يوجه الرئيس سلفاكير السياسة الخارجية ويشرف عليها، كما ان من مهامه كذلك المصادقة على الاتفاقيات بعد مرورها على المجلس التشريعي، وسيقوم رئيس الوزراء مشار بتنسيق تطبيق اتفاقية السلام وإجراء الإصلاحات المؤسسية ويقوم بتعيين وكلاء الوزارات ورؤساء الهيئات العامة وسيتابع تنفيذ القرارات الصادرة من مجلس الوزراء.
