أكد البابا شنودة الثالث - بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية – ان عقوبة الذهاب للقدس دون تصريح من الكنيسة، هي عقوبة محددة وليست دائمة ، حتى يعتقد البعض أن مثل هذه العقوبة تمنع الكنيسة من الصلاة عليه بعد وفاته، بل تفقده أبديته. وأضاف لم تكن قوانين الكنيسة بهذا الحد من القسوة، مهما كان الخطأ فالعقوبة لها نهاية، وأنه إذا حدث ظروف تهدد حياة الإنسان فالكنيسة تتغاضى وتمنحه الأسرار المقدسة قبل أن يموت، وتقام عليه الصلوات كالمُعتاد. على جانب اخر، رفض البابا شنودة عقد أية اجتماعات أو صلوات خارج الكنيسة، مُشيراً في ذلك إلى ربط البعض بما جاء في العهد الجديد وقيام البعض بإقامة الصلاة في بيوتهم. وأوضح البابا شنودة في محاضرته الأربعاء من الكاتدرائية المرقسية بالقاهرة اختلاف الوضع حينذاك في عهد الرومان، ففي ذلك الوقت لم تكن هناك كنائس لذلك كانوا يجعلوا بيوتهم كنائس للصلاة فيها، بينما الوضع يختلف الآن، وأنه لا يجوز إقامة الاجتماعات داخل البيوت بعيداً عن رقابة الكنيسة، ومُطالبا بإبلاغ الكنيسة عن عقد أي اجتماعات خارج نطاقها. ونصح البابا شنودة الشعب الأرثوذكسي بعدم الصلاة في كنائس الخمسينيين لمُخالفتها لتعاليم الكنيسة الأرثوذكسية وبها تشويش خاطئ وضد تعاليم الكتاب. وانتقد البابا شنودة أيضاً تعاليم "الأخوة البلاميس" الخاطئة والتي تؤكد أن الجميع سيجلسون في عرش المسيح دون النظر إلى أعمالهم، مُشيراً إلى قول الكتاب المقدس "إن كنا أننا لم نخطئ نضل أنفسنا وليس الحق فينا"، وكذلك إلى قول بولس الرسول "الخطاة والذين أولهم أنا"، وإلى قول السيد المسيح "إن لم تتوبوا كذلك جميعكم تهلكون". وعرّف البابا شنودة "البلاميس" بأنهم طائفة بروتستانتية يُسمونهم "الأخوة البلاميس" يعنى كلهم أخوة لا عندهم قساوسة ولا رعاة كنائس ولا شيوخ حتى كنائسهم يُطلق عليها كنيسة الأخ صليب مثلاً وليس على اسم أحد القديسين، فهم يعتبرون أنفسهم في مرتبة الملائكة والقديسين. وعلى صعيد القضايا الاجتماعية طالب البابا شنودة الآباء والأمهات بمنح أولادهم الحنان وحُسن المعاملة حتى لا تبحث الفتاة عن حنان آخر خارج المنزل وتكون هناك المأساة. جاء هذا رداً على استغاثة أحد الأشخاص بسبب اختفاء طالبة تبلغ من العُمر 17 عاماً وأنها خادمة بكنيسة الملاك غبريال، مؤكداً على اهتمامه بهذا الموضوع من خلال البحث مع المسئولين آملاً في عودتها بإذن الله. وحول ما يُقال عن قوانين "المجموع الصفوي" لصفي الدين العسال وادعاء البعض بتضمنها إباحة الطلاق، أكد البابا شنودة بأن ابن العسال جمع كل القوانين الكنسية وجمع القوانين المزورة، وجمع القوانين السليمة وغير السليمة وجمع قوانين الملوك، مُشيراً إلى وجود أي كلمة تبيح الطلاق فلابد أن يكون مرجعها ليس سليماً، ومؤكداً خضوعنا للإنجيل وليس للمجموع الصفوي. وانتقد البابا شنودة بشدة من يُشكك في جهود الكنيسة الأرثوذكسية ونشاطاتها الثقافية والدينية، ومن يقضون أوقاتهم في البحث عن نقد الآخرين، مؤكداً على أنه لا يكون لديهم الوقت للعمل الإيجابي النافع للناس. وأبدى البابا دهشته أن يصدر هذا من شخص كان يوماً ما ضمن أبناءه طالباً ثم مُحاضراً ومدرساً في الكلية الإكليريكية، ومؤكداً على أنه (البابا) كان أول من شجع حركة ترجمة أقوال الآباء وأول من اهتم بجمع المخطوطات وانشاء مكتبة تحتوي على عشرات الألوف، بل والاهتمام بمجال الأبحاث والدرسات منذ أن كان الراهب أنطونيوس. وانتقد البابا شنودة ادعاء جورج بباوي عندما طالب البابا شنودة الأب متى المسكين بتصحيح بعض أفكاره قال جورج بباوي أنا مُستعد لإعادة طبع كل كتبه بالطريقة التي ترونها، وسوف أضع في الهوامش كل العبارات الأصلية. ونفى البابا حدوث ذلك وأن كل ما احتج عليه طبعها الأب متى كلها بالضبط، ولم أقم بتحويل الموضوع إلى جورج بباوي كما يدعي، وكأن جورج هو مرجع لي، ووصف الموقف بأن الموضوع يبدو في مُجمله تخيلات. وحول من يتهم البابا كيرلس السادس بقيامه بظلم الأنبا غبريال بحرمانه دون سبب، أكد البابا شنودة بأن البابا كيرلس السادس لم يقم بذلك وإنما الحرمان جاء بناءً على حُكم أصدره المجمع المقدس وليس من قبل البابا كيرلس السادس.
