بدأت مصلحة الضرائب المصرية محاسبة الصيادلة طبقا للأقرارات الجديدة سواء كانوا أشخاصا طبيعيين أو إعتباريين طبقا لقرار وزير المالية رقم (414 لسنة 2009) الخاص بأسس وقواعد محاسبة المنشآت الصغيرة مع الأخذ فى الإعتبار طبيعة نشاط الصيادلة. وقال أحمد رفعت رئيس المصلحة إن الاقرارات الجديدة تراعي التفرقة بين إيرادات السلع المسعرة جبريا والإيرادات من السلع غير المسعرة جبريا. وبشىء من التفصيل، أوضح أن تحديد أرباح الصيدليات التى يسرى عليها القرار (414) وتقتصر تعاملها على الإتجار فى سلع مسعرة جبريا أو ضمن نشطتها سلع خاضعة للتسعير الجبرى يتم من خلال حصر فواتير الشراء أو شهادات المسحوبات التى تصدرها شركات الأدوية أو تحديد الربح على أساس الهامش المحدد لهذه السلع وفقا للتسعير الجبرى بشرط الإحتفاظ بالمستندات المؤيدة للمشتريات من السلع المسعرة جبريا. وبالنسبة لتلك غير المسعرة جبريا يتم تحديد رقم الأعمال من واقع فواتير البيع التي تصدرها الصيدليات مع ضرورة احتفاظها بفواتير الشراء. وتشمل السلع المسعرة جبريا الأدوية والمستلزمات الطبية ومستحضرات التجميل الطبية المسجلة بوزارة الصحة والتى لايتم بيعها إلا بالصيدليات فقط. أما السلع غير المسعرة جبريا فتضم مستحضرات التجميل الأخرى ولعب الأطفال والأدوات الرياضية وأى سلع أخرى لا يقتصر بيعها على الصيدليات. وفي منتصف مارس/ اذار 2010 ، وقع الدكتور يوسف بطرس وزير المالية المصري اتفاقا بين وزارة المالية ممثلة في مصلحة الضرائب المصرية والنقابة العامة للصيادلة وبمشاركة 21 نقابة فرعية لتيسير المعاملة الضريبية والنقابة العامة للصيادليات لإنهاء الخلافات التي ثارت مؤخرا بين الصيادلة والإدارة الضريبية. وصرح غالي بأن الإتفاق يتضمن تحديد صافي ربح السلع المسعرة جبريا من واقع فواتير الشراء أو شهادات المسحوبات التي تصدرها شركات الأدوية بنسبة 15.19 % من قيمة المشتريات للأدوية و20 % من سعر بيع منتجات التجميل للجمهور أي مايعادل 25 % من سعر الشراء. وقال الدكتور بطرس غالي أنه من ضمن التيسيرات التي يتيحها الإتفاق السماح بخصم مرتجعات المشتريات من السلع المسعرة جبريا من إجمالي قيمة مشتريات كل صيدلية عند تحديد الربح وذلك بشرط توافر المستند المؤيد للارتجاع وبالمثل خصم قيمة السلع التي يتم إعدامها. وأضاف الوزير بأن الإتفاق يسمح للصيدليات بأداء مبالغ تحت حساب الضريبة بنسبة 60 % من آخر ضريبة أقرت بها تلك الصيدليات أو من الضريبة التي تقدرها إذا لم يسبق لها تقديم إقرار ضريبي أو كان الإقرار الذي تقدمت به في السابق يتضمن خسارة على أن يتم سداد تلك النسبة على ثلاث دفعات متساوية في مواعيد لاتجاوز 30 من يونيو/ حزيران وسبتمبر/ ايلول و31 ديسمبر/ كانون الاول من كل عام على أن يتم تسوية الضريبة مع تقديم الإقرار الضريبي كل عام . ونوه غالى بانه في حالة إتباع هذه الطريقة لاتسري على تلك الصيدليات أحكام الخصم تحت حساب الضريبة بشرط إمساكها سجل منتظم يثبت أداء هذه المبالغ.