اتهم الشيخ علي عبد الباقي أمين عام مجمع البحوث الإسلامية العلمانيين والجماعة المحظورة بالترويج لتراجع دور الأزهر في الداخل والخارج، محاولين إبعاده عن دوره التنويري والتاريخي، حتي تخلو لهم الساحة لنشر أفكارهم ومبادئهم التى تحث على العنف والتشدد، ويحاولون خلط الدين بالسياسة، مؤكدا أن «الأزهر» له منهج معتدل «داخلياً» وله رسالة واضحة وليس مؤسسة يتاجر بها. وأكد عبد الباقي -في تصريحات صحفية في ختام زيارته للفيوم التى رافقه فيها الدكتور محمد عبدالعزيز واصل، وكيل مشيخة الأزهر الشريف، الجمعة- ان الولاياتالمتحدة في مرحلة من المراحل استغاثت بالأزهر الشريف، الذي رفض لأنه ليس مؤسسة للتجارة. وقال الشيخ على عبدالباقي، إن الأزهر مؤسسة تربوية تعليمية خاضعة للنظام فى مصر، ولا ينبغى أن يعلو صوتها فوق صوت النظام، خاصة أن دورها يهتم بالناحية الشرعية، مؤكداً أنه لا شأن للأزهر بما يتردد عن موقف النظام السلبى فى القضايا السياسية الداخلية والخارجية، مثل قضيتى فلسطين والجدار العازل، لأنهما ليست لهما علاقة بالأمور الشرعية. وأضاف أنه ليس مسؤولاً عن الكتب التى تدعو إلى الإثارة، وأنه لم يراجع كتب جماعة الجهاد والمحظورة، وغير مسؤول عن طباعة أو وقف تلك الكتب،. واستغلوا بعض أجهزة الإعلام والصحف لتسييس بعض القضايا ولي الحقائق. وأشار إلى أن جهات مسؤولة فى الدولة تطلب من «الأزهر» مراجعة بعض الكتب، ويتم عرضها على مجمع البحوث الإسلامية لطلب الرأى فيها من ناحية اتفاقها مع الشريعة من عدمه، وليس بالضرورة أن يتوافق رأى الأزهر مع رأى المؤلف، فدورنا تحديد المادة العلمية لتقديمها إلى القارئ بمفهوم صحيح، منتقداً من يفرضون آراءهم للموافقة عليها أو يقاضون «الأزهر» ويتهمونه بعد ذلك بمنع أفكارهم ومصادرة مؤلفاتهم، وضرب مثالاً بمن قام بتفسير القرآن الكريم فى مجلدات شعر، والمؤلفات التى تتضمن تجاوزا فى الذات الإلهية.
