تثير لائحة اختيار بابا الإسكندرية جدلا بين الحين والآخر بسبب المرض المتكرر للبابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية، والصراع الذى يمكن أن يحدث داخل الكنيسة المصرية على خلافته، فهناك من يعارض اللائحة ويطالب بتغييرها، ويشير إلى معارضة البابا شنوده نفسه لها قبل أن يتم انتخابه بنصوصها، ويستشهد هؤلاء بالمقالات التى كتبها فى مجلة الكرازة، وهاجم فيها اللائحة، وهناك من يرى أن الرب هو الذى يختار البابا القادم ولذلك يجب الإبقاءعليها، خاصة أنها أتت باثنين من أفضل من رعوا الكنيسة المصرية من 117 بطريرك قبلهما، هما البابا شنودة الثالث، والبابا كرلس السادس. ويصر البابا شنوده على عدم إجراء أى تعديل فى اللائحة حتى لا يقال إنه أجرى تعديلا على مقاس من يريده لخلافته، وذلك طبقا لما يصرح به المقربون منه وباعترافه هو شخصيا فى عدة لقاءات صحفية وتليفزيونية، وهو ما فجر خلافا كبيرا جعل المستشار لبيب حليم نائب رئيس مجلس الدولة يطالب الرئيس مبارك بإصدار لائحة جديدة متهما اللائحة الحالية أنها مخالفة للدستور والقوانيين الكنسية، ووضع حليم مشروعا مقترحا للائحة الجديدة تجعل ما لقيصر لقيصر وما لله لله كما وصفها. اللائحة الحالية ينتخب البابا بحسب اللائحة الحالية التى تم إقرارها عام 1957، وكان أول من انتخب على أساسها البابا كيرلس السادس " 1959 – 1971 " ، من أعضاء المجمع المقدس الذى يبلغ عدد أعضائه 74 أسقفا ثم يتم وضع أسماء الثلاثة رهبان الأكثر حصولاعلى الأصوات داخل صندوق بغرفة مظلمة ويقوم طفل صغير باختيار أحد الأسماء حتى لو كانت الأقل فى عدد الأصوات؛ وهو ما حدث للبابا شنوده وتم اختياره رغم أن ترتيبه كان الثالث. وتنص اللائحة، على أن المرشح لمنصب البابا يجب أن يكون راهبا وألا يقل عمره عن 40 عاما ويكون قد أمضى 15 عاما فى الرهبنة، ولايقل عدد المرشحين عن 5 ولا يزيد عن 7 ،ويشارك فى اختيارهم مع المجمع فئة مختارة من الأقباط، من الأعيان وكبار الموظفين ورجال الدين. وتتولى وضع قائمة المرشحين لكرسي البطريركية لجنة تؤلف من القائم مقام البطريرك رئيساً وثمانية عشر عضواً يختارهم المجمع القدسي بحيث يكون نصفهم من المطارنة والأساقفة والنصف الآخر من المجلس الملي العام وتصدر قرارات اللجنة بالأغلبية المطلقة، و يخطر المجمع المقدس الحكومة، ليصدر مرسوما جمهوريا باعتماد البابا المختار كبابا لكنيسة الإسكندرية و بطريرك للكرازة المرقسية. وتمنع اللائحة ترشيح الأساقفة مع استثناء الأساقفة العامين،وهى المادة التى تثير خلافا فى التفسير حيث يفسرها البعض أنها تمنع أساقفة المحافظات من الترشيح، ولكن الأنبا موسى أسقف الشباب يقول إنه حسب القوانين الكنسية الأصلية لا يجوز لأسقف الإبرشية أن يرشح للبابوية فتاريخ الرسل يمنع ذلك، لكن اللائحة تقول نعم، و مع ذلك الكنيسة تعتبرالفترة التى تولى فيها الثلاثة أساقفة السابقون للبابا كيرلس تاريخاً غير جيد بالكنيسة . صراع الخلافة الحديث عن لائحة انتخاب البابا يشعل الصراع داخل المجمع المقدس من جانب وبين التيار العلماني من جانب آخر بخلاف الصراع الدائر داخل كل تيار، ويؤكد المهتمون بالشأن القبطى فى مصر أن الأسماء المطروحة كثيرة ولا يمكن التنبؤ بمن يستطيع خلافة البابا، وذلك لأن عملية اختيار البابا معقدة جدا وليس من السهل حسمها ويمكن أن يأتي بابا خارج كل التوقعات ولكن لا يمكن إغفال التكتل الديني حول البابا شنودة الذى سيسعى بكل تأكيد إلى انتخاب بابا من نفس المجموعة لضمان استمرار النظم الموجود حاليا. الأول الأنبا موسى أسقف الشباب منذ عام 1980، الأنبا بيسنتي، أسقف حلوان والمعصرة، الذي عمل سنوات طويلة سكرتيراً للبابا وهو يبلغ من العمر 63 عاماً، الأنبا يؤانس الأسقف العام وسكرتير البابا شنودة، وهو يعد من أصغر الأساقفة المرشحين عمراً 48 عاماً فهو من مواليد 1960 وحاصل على بكالوريوس في الطب والجراحة من جامعة أسيوط عام 1983 ورسمه البابا شنودة أسقفاً عام 1993،و شقيق الأنبا يؤانس، الأنبا غبريال وهو أصغر منه عمراً وتم ترسيمه أسقفاً سنة 1996. وهناك أيضاً الأنبا لويس الأسقف العام وهو من مواليد 1939 واختاره البابا شنودة أسقفاً عاماً عام 1977، الأنبا بيشوي أسقف دمياط وسكرتير المجمع القدسي ورئيس لجنة محاكمة الكهنة، وهو يبلغ من العمر 64 عاماً وبدأ حياة الرهبنة عام 1969 وهو أكثر رجال الكنيسة قوة ونفوذاً. كما أن هناك الأنبا بفنوتيوس أسقف سمالوط الذى تقدم أيضا بمشروع لائحة جديدة وهاجم «القرعة الهيكلية» في اختيار البابا «البطريرك»، وهي الطريقة التي تم اختيار البابا شنودة وفقها، ووصفها بالطريقة الساذجة والبدعة التي لا تستند لأي أساس كنسي، وطالب بضرورة اقتصار حق انتخاب البابا علي «الإكليروس» لا كل المسيحيين ولا المجلس الملي، وبفنوتيوس على خلاف شديد مع البابا شنودة ومع قادة الكنيسة، ورغم كل هذه الترشيحات إلا أنه من الممكن أن يأتى راهب غير معروف إعلاميا ويتم انتخابه لكرسى البابوية اللائحة الجديدة يرفض رجال الدين التحدث عن خلافة البابا شنوده ولا يعترضون فى الوقت ذاته على مبدأ تغير اللائحة حتى ولو كان كل منهم له وجهه نظر مختلفة، ويشير كاهن المرقسية بالإسكندرية الأب يوحنا نصيف، أن الحديث عن خلافة البابا أمر لا يصح، إذ إن البابا بصحة جيدة وقادر على ممارسة مهامه، ويضيف نصيف أن الكنيسة بيد الله وهو المسئول عنها وليس هناك أي ثغرات فى اللائحة الخاصة باختيار البابا. وأزمة وجود لائحة جديدة ليست موافقة البابا فقط ولكن الاتفاق على ما يجب أن يتغير فى اللائحة وما يجب أن يبقى، فرغم أن قيادات الكنيسة لاتتحدث عن تغيير فى اللائحة إلا أنهم لا يعارضون فكرة التغيير فى حد ذاتها، ولكن مشروعهم للتغيير مختلف عن المشروع الذى طالب به الأنبا بفنوتيوس أسقف سمالوط ،الذى يصف فكرة إجراء القرعة الهيكلية بالساذجة و ليس لها أي أساس روحي كنسي بل هي تدخل في نطاق العبث واليانصيب المعتمد علي الحظ والصدفة، و لا تعتمد علي اليقين الإيماني الحقيقي. ويطالب بفنوتيوس بإقامة قداس إلهي يحضره أعضاء المجمع المقدس ، ويجري الاقتراع السري علي أشخاص المرشحين الثلاثة الحاصلين علي أعلي درجات التقييم من حيث الأهلية والصلاحية في هذا الاجتماع المغلق علي أعضاء المجلس المقدس وحدهم بحيث يكون الحائز علي أكثر الأصوات من المرشحين هو الفائز بنعمة الاختيار للكرسي البطريركي. ولا يختلف أسقف سمالوط مع نص اللائحة الذى يتيح ترشيح الأساقفة والمطارنة للمنصب البابوي، ويرى أن تولي الأسقف رتبة البطريرك هو اختيار من الله، ويتفق مع اللائحة الحالية أيضا في اقتصار حق انتخاب البابا علي الإكليروس، لا كل الأقباط، قائلا في نص المادة 5: -تلتزم اللائحة أن القائمين بالترشيح والناخبين أنفسهم هم من زمرة الإكليروس وهم بدورهم القادرون علي اختيار شريكهم في الخدمة السرائرية بطريركا عليهم- إذ إن إقحام عامة الشعب في هذا الأمر لم تمدحه أقوال الآباء السابقين لما قد ينتج عنه من تداخل العصبيات والأهواء، ثم إن أفراد الشعب البسيط تغيب عنه ضوابط الأهلية - والصلاحيات المطلوبة - لهذا المنصب الخطير والكبير. لائحة العلمانيين يختلف العلمانيون مع السماح للأسقف بالترشيح للبابوية، ويرون أنه يجب اقتصار الترشيح على الرهبان فقط حتى لا يجمع الأسقف بين الإبراشية وبين كرسى البطريرك، كما أن هناك منهم من يطالب بانتخاب البابا من خلال الاقتراع السرى المباشر، ليصبح حق التصويت مكفولاً لكل الأقباط، فتعد وزارة الداخلية جداولا خاصة للأقباط كجداول الاقتراع في الانتخابات الرئاسية والبرلمانية والبلدية! ويجري الاقتراع في كل كنيسة على اسم البابا. والمترشح الذي يحصل على أعلى الأصوات يصبح البطريرك الجديد، وهو المشروع الذى وضعه المستشار لبيب حبيب للائحة الجديدة الذى تبناها مؤتمر العلمانيين، لكن هذه الإشكالية تحديدا يختلف فيها رجال الكهنوت لأنها تنزع عن البابا قدسيته وتحوله إنسانا مسيسا، ويتفق مع رجال الكهنوت بعض العلمانيين الذين يعلنون إنهم يهدفون للإصلاح دون المساس بالتقاليد الكنسية. من يحسم الصراع ويظل السؤال مطروحا هل اللائحة وحدها التى تحسم الصراع على كرسى البابوية، أم النفوذ ودعم جهات خارج الكنيسة، فالصراع داخل الكنيسة وصل إلى حد احتجاز بعض الرهبان فى أديرتهم، وإخراج وثائق لمخالفات مالية فى بعض أديرة الأساقفة المرشحين. والعلمانيون ليس من طموح أحدهم أن يعتلى عرش البابوية، وتنحصر معظم الترشيحات فى رجال البابا شنودة، فهل يكون البابا من الثلاثة الكبار، الأنبا بيشوى وموسى وبيسنتى الذين يتمتع كل منهم بنفوذ وعلاقات قوية سواء أكان داخل أم خارج الكنيسة. أهمية منصب البابا تأتى أهمية بابا الإسكندرية لكون الأقباط يمثلون 6 % من سكان مصر طبقا لإحصاء الجهاز المركزى للإحصاء وهى نسبة تتفق مع إحصاء الاحتلال الإنجليزى، رغم أن البعض يقول إنها أقل من ذلك، وهناك من يقدرها ب 10%. ولكن النظرة العلمية تقول إن النسبة الرسمية المعلنة من أجهزة الإحصاء المصرية صحيحة إلى حد كبير لقربها من إحصاء الاحتلال الإنجليزى، وبديهي أن النسبة تقل باطراد بسبب الهجرة، ولأسباب تتصل بارتفاع سن الزواج وعدم تعدد زوجات عند المسيحيين، كما يبلغ الأرثوذكس من مجموع المسيحيين النسبة الأكبر (حوالي 90% من المسيحيين المصريين)، ويبلغ عدد الكنائس في مصر 1683 كنيسة رسمية، بالإضافة إلى 717 كنيسة ينتظر حصولها على الترخيص، أي أن العدد الكلي حوالي 2400 كنيسة.