تزخر مصر بكنوز عديدة من الآثار القبطية لتؤكد براعة الفن القبطي على مدى عصور مختلفة وتحكى جزء من تاريخ المسيحية فى مصر. وتتنوع الآثار القبطية ما بين كنائس وأديرة ومخطوطات وحفريات وصناعات بأدوات مختلفة، ويحتوي المتحف القبطي على مُعظم النماذج الأثرية التي تم جمعها من مناطق أثرية مختلفة ،وعلى مدى حقب زمنية مختلفة. وتعد محطات رحلة العائلة المقدسة داخل مصر من أبرز المناطق الأثرية القبطية، ويُعد دير المحرّق من أبرز المناطق الأثرية، وهو يُمثل المحطة ما قبل الأخيرة لرحلة العائلة المقدسة قبل أن تصل لجبل أسيوط في صعيد مصر لتقيم بمغارة قديمة منحوتة فى الجبل والذي أصبح الآن يحمل اسم "جبل دُرنكة" ثم أقيم ديراً يحمل اسم "دير دُرنكة". ويُعتبر الدير المحرّق من أهم المحطات التى مكثت بها العائلة المقدسة ويشتهر هذا الدير باسم "دير العذراء مريم"، حيث قضت العائلة فى هذا المكان أطول الفترات "6 أشهر و 10 اْيام" من إجمالي الفترة التي قضتها العائلة المقدسة على أرض مصر والتي تصل لأكثر من 3 سنوات ذهاباً وإياباً، قطعوا فيها مسافة أكثر من ألفى كيلو متر، وشملت نحو 22 محطة بدأت من "رفح" وانتهت ب "جبل دُرنكة" بأسيوط . وتعتبر الغرفة أو المغارة التى سكنتها العائلة في "جبل قسقام" بأسيوطجنوب مصر هى أول كنيسة فى مصر بل في العالم كله، ويعتبر مذبح كنيسة "السيدة العذراء الأثرية" بالدير المحرّق فى وسط أرض مصر ليتحقق ما جاء بأشعياء النبي "وفى ذلك اليوم يكون مذبح للرب في وسط أرض مصر"، وتعد هذه الكنيسة ذات المذبح الواحد هي أهم معالم الدير وإليها يأتي مصريون وأجانب، ويوجد بالدير مخطوط يشتمل على طروحات وأناجيل "دورة عيد الصليب المجيد" حسب ترتيب دير المحرق. والمذبح على شكل مُكعب غير متساوي الأضلاع على سطحه رخامة لها حافة على شكل نصف دائرة ومنقوش عليها باللغة اليونانية نصها "نيح يارب الطوباوى كلتوس" وتاريخها 15 كيهك سنة 463ق، الموافق 11 ديسمبر سنة 746م، وتعتبر هذه الرخامة النصف دائرية من الأشكال النادرة التي تنفرد بها المذابح القبطية الأثرية في مصر، وفكرة النصف دائرة هي تقليد قبطي قديم ظهر في الأيقونات التي تمثل "العشاء الرباني" وفيها المائدة على شكل النصف دائرة. ويُطلق على كنيسة العذراء بالدير المحرّق "أورشليم الثانية" و "جبل الزيتون رقم 2" نظراً للكرامة التي نالتها بعد تدشين الرب لمذبحها، عندما ظهر نور عظيم من الصورة والصليب ملأ الكنيسة كلها في داخل الهيكل وخارجه في ليلة عيد القيامة المجيد في إحدى السنوات، ويعتبر هذا الحدث لم يحدث له نظير في أية كنيسة أخرى في العالم إلا في كنيسة القيامة بمدينة أورشليم.