رغم إجماع أهالي الأقصر علي تحسن خدمة مياه الشرب في السنوات الأخيرة بالمحافظة بعد جهود الشركة القابضة في إنشاء العديد من المحطات الجديدة علي ضفاف النيل إلا أن هناك الكثير من المشكلات التي مازالت مثار شكاوي متكررة من جانب الأهالي يأتي علي رأسها الانفجارات المتكررة في خطوط المياه الرئيسية رغم حداثة إنشائها وهو ما تسبب في ضعف وانقطاع في المياه لساعات طويلة من الليل والنهار وارتفاع لنسبة المياه الجوفيةأسفل المنازل وكذلك حرمان المناطق العشوائية من مياه الشرب لمخالفتها شروط البناء المحددة. علاوة علي وجود إحدي العوامات الخاصة ترسو بجوار حرم مأخذ محطة مياه الأقصر الرئيسية بالمخالفة لقرار وزير الصحة رقم 1995/301 والذي حدد مسافة 500م فوق التيار و200م تحت التيار كحرم لمآخذ المياه حتي يكون الحرم خاليا من مصادر التلوث. وفي المراكز الستة الأخري بالمحافظة كانت الإشادة واضحة من جانب الأهالي بقوة تدفق المياه ونظافتها في أغلب المناطق باستثناء مناطق أخري تتعرض فيها للانقطاع بسبب انفجارات في الخطوط الرئيسية وحسب عبد المجيد يونس عضو المجلس المحلي للمحافظة فإن مياه الشرب بمركز الزينية شمال الأقصر قد شهدت تحسنا واضحا في الآونة الأخيرة. لكن محمد أبو صالح المحامي بالقرنة يؤكد أن قري مركز القرنة تعاني في ظل الانفجارات التي تعددت في الفترة الأخيرة رغم حداثة إنشاء خطوط الشبكات لكن الأوضاع سيئة في العديد من قري إسنا حيث أشار أحمد أبو الحجاج إلي ارتفاع منسوب المياه الجوفية أسفل منازل المواطنين بسبب تسرب المياه من الشبكات المتهالكة والتي أنشئت قبل 40 عاماً ولم يتم تجديدها كما أن مياه الشرب اختلطت بمياه الصرف في بعض الأماكن بقري اصفون وطفنيس والمطاعنة وارتفعت المياه حتي اضطر الأهالي إلي إنشاء سقالات للمرور فوقها. أما العشوائيات وقري الظهير الصحراوي فتظل دائما محرومة من مياه الشرب النقيةوقال سمير حجازي موظف إن الأهالي هناك مازالوا يعتمدون علي الطلمبات ومياه الآبار لسد حاجاتهم من مياه الشرب مطالبا باستكمال مد خطوط المياه إلي هذه التجمعات.