اكد أعضاء "رقابيون ضد الفساد" ان الوجه الأخر للمستشار جودت الملط التي لم تتوقف علي التستر علي اهدار الأموال وتضليل الرأي العام بل وصل الأمر الي الفساد الإدارى والمالى المتمثل فى قيام الملط بندب وكيلين وزارة بالجهاز للعمل تحت مسمى " بعض الوقت " على غير الحقيقة بديوان رئيس الجمهورية وللقيام بأعمال تردد بأروقة الجهاز بأنها تتعلق بالحسابات الخاصة لكل من رئيس الجمهورية السابق ورئيس ديوان رئيس الجمهورية السابق. و أصدر الملط منذ توليه منصب رئيس الجهاز عدة قرارات إدارية بندب وتجديد ندب أسامة محمد عبد الغنى رئيس قطاع المكتب الفنى بمكتب نائب رئيس الجهاز المركزى للمحاسبات للعمل بعض الوقت بالأمانة العامة لرئيس الجمهورية "ديوان رئيس الجمهورية". كما أصدر الملط عدة قرارات إدارية بندب وتجديد ندب محمد هانى حسن البنانى المدير العام بمكتب نائب رئيس الجهاز من 17أغسطس 2006 ليحل محل أسامة محمد عبد الغنى . مؤكدين علي أنه ترتب علي هذه القرارات الادارية تحميل موازنة الجهاز المركزى للمحاسبات بكامل رواتب وحوافز أسامة محمد عبد الغنى، ومحمد هانى حسن البنان طيله 12 عام دون وجه حق نتيجة الفساد الإدارى والمالى فى هذا الشأن ومجاملة مؤسسة الرئاسة السابقة على حساب العمل الرقابى بالجهاز . اضافة الي الخلط بين العمل الرقابى المنوط بالجهاز المركزى للمحاسبات والعمل التنفيذى لرئاسة الجمهورية وعدم الفصل بينهما نتيجة الفساد الإدارى للقائمين على رئاسة الجهاز وقبول ذلك برئاسة الجمهورية .