قام مجموعة من الأهالي بالاستيلاء علي أراضي المحمية الطبيعية التي تقع في الوادي الأسيوطي واستصلاح أراضي، كما قام آخرون بعمل محجر للرمال داخلها مستغلين شروط وإجراءات التقاضي المميتة حيث يتم تحرير محضر وعرضه علي النيابة ثم يتحول لجلسة تستغرق نحو 6 أشهر وبعد استئناف وإجراءات التقاضي يكون قد مر سنوات لتغيير الوقع ويتعذر معه الإزالة والغريب في الأمر أن المعتدين علي أراضي المحمية قاموا بتحديد خط فاصل من الرمال بجوار المبني الإداري للمحمية وحذروا الموظفين من تجاوزه لتضيع مئات الأفدنة من الأرض ، وعلي الجانب الاخر قام مجموعة من الأهالي بالاستيلاء علي نحو 250 فدانا من أرض المحمية وقد تم تحرير محضر لهم ولكن يبقي الحال علي ما هو عليه، رغم الحاجة الماسة لتجميع الأصول النباتية المهددة بالانقراض خاصة أن النباتات الطبية والعطرية مثل نباتات السكران الذي يستخرج منه سائل يستخدم في العمليات لتوسيع حدقة العين كلك الصباريات وغيرها من النباتات التي تعتبر أصولا وراثية لمحاصيل اقتصادية مهمة. ويرجع إنشاء المحمية بالصحراء الشرقيةجنوب مدينة أسيوط بنحو 20 كيلو مترا وفقا لقرار رئيس الوزراء رقم 942 لسنة 1989 وتم توضيح حدودها وفقا لهذا القرار لتمتد لمساحة 8 آلاف كيلو متر، بهدف الحفاظ علي الأنواع النباتية والحيوانية المهددة بالانقراض وتهيئة البيئة المناسبة حيث يوجد بها كثير من النباتات الطبية والحيوانات البرية النادرة، كما أن قانون نشأة المحميات ينص علي أن تقوم كل دولة باقتطاع جزء من أراضيها وتخصيصها كمحميات طبيعية لا يجوز الاقتراب منها ومنع أي نشاط بشري عليها للحفاظ علي هذه الأجزاء كفلاتر طبيعية، وتراجع أهمية المحمية كونها المحمية الوحيدة علي مستوي الصعيد التي تتوافر بها مقومات المحمية بالإضافة الي محمية الأقصر في الدبابية ولكنها عبارة عن محمية جيولوجية طبيعية فقط يتم من خلالها التعرف علي بعض الحقب التاريخية في تاريخ الأرض ومساحتها محدودة جدا. وتنفرد محمية الوادي الأسيوطي بوجود سلالات تنفرد بها مصر وليبيا من الغزلان يعرف باسم الغزال المصري وتم التقاط صورة حية لها، كما أنه يوجد نوع من الذئاب يعرف باسم «ابن آوي» المسالم الذي لا يهاجم البشر كان موجودا بتلك المحمية بالإضافة للضب المصري الذي يصارع الانقراض. ولا يقتصر دور محمية الوادي الأسيوطي علي الحفاظ علي السلالات الوراثية فقط بل تلعب دورا كبيرا في التثقيف والوعي البيئي حيث تأتيها رحلات من جامعة ومدارس أسيوط لزيارتها، وقد حضر أساتذة من كلية العلوم وتوصلوا الي أن هناك بعض الرخام الموجود بالمحمية يعرف باسم الألباستر وهو ذو قيمة عالية جدا لأنه من أفضل أنواع الرخام في العالم كما تم رصد بعض الكثبان الرملية وحجارة الكونتر التي يصنع منها الزجاج، وهناك دراسات ماجستير قام بها باحثون من جامعة أسيوط عن المحمية. كما أن المحمية في الأساس هي نتاج دراسة بين جامعة أسيوط ممثلة في كلية العلوم وجامعة أريزونا الأمريكية.