أمر مسعود البارزانى بعدم رفع العلم العراقي على المباني "الحكومية" في الاقليم. وأصدر البارزانى قراراً يقضي بعدم رفع العلم العراقي إلى جانب "العلم الكردستاني" على دوائر ومؤسسات "حكومة كردستان" والاكتفاء برفع "العلم الكردستاني". وجاء في القرار الذي يحمل الرقم 60 لسنة 2006 ونشر نصه في الجريدة الرسمية ل"حكومة كردستان" الجمعة "يجب رفع العلم الكردستاني وحده على الدوائر والمؤسسات الحكومية في إقليم كردستان وعلى مقرات البيشمركة "الميليشيا الكردية" ونقاط التفتيش، ويسمح للاحزاب السياسية العاملة في الاقليم رفع أعلامها الخاصة إلى جانب علم كردستان". ونص القرار على رفع العلم العراقي فقط في المناسبات الرسمية على أن يكون علم الجمهورية العراقية لثورة 14 يوليو أي علم العراق ما بين 1958-1963 إلى حين اختيار علم جديد للعراق الفدرالي وفق الدستور المزعوم. وكانت الدوائر والمؤسسات الحكومية ترفع العلم العراقي في المناطق التي كانت تخضع لنفوذ جلال الطالبانى في محافظة السليمانية قبل توحيد الادارتين الكرديتين في حكومة واحدة في إبريل الماضي. وكان بارزاني الذي يتزعم الحزب الديمقراطي الكردستاني أعلن قبل توليه "رئاسة كردستان" أنه غير مستعد لرفع العلم العراقي الحالي على أرض كردستان لأنه يعبر عن "فترة من أشد الفترات سوادا في تاريخ العراق". ونقلت صحيفة "التآخي" الناطقة باسم الحزب الديمقراطي الكردستاني عن بارزاني قوله "لقد تم وضع هذا العلم عام 1963 وارتكبت تحت ظله كل المجازر وعمليات القتل الجماعي والجرائم"، لذلك "من المستحيل رفع ذلك العلم في كردستان لأنه يعبر عن فترة تعتبر من أشد الفترات سوادا في تاريخ العراق". تجدر الإشارة إلى أن العلم الكردي الذي يتم رفعه حاليا في كردستان يتكون من ثلاثة الوان, الأحمر والأخضر والأبيض تتوسطها شمس صفراء.