قامت سلطات الانقلاب، بمضاعفة مصروفات مدارس النيل، والتى تبدأ مصروفاتها ب12 ألفًا و825 جنيهًا، وتنتهي ب15 ألفًا و765 جنيهًا للمرحلة الثانوية. وكانت صندوق تطوير التعليم التابع لرئاسة مجلس الوزراء بنظام الانقلاب قد أرسل منشورًا لجميع المدارس بالقاهرة والمحافظات، يخطرهم بزيادة المصروفات الجديدة، ويطالبهم بفصل الطلاب المعترضين على هذه الزيادة فورًا.
و"مدارس النيل" يملكها صندوق تطوير التعليم التابع لرئاسة مجلس الوزراء، لا تخضع للإشراف المالي والإداري لمديريات التربية والتعليم بالمحافظات التابعة لها، رغم أنها من المفترض مدارس حكومية؛ لقيام جهة حكومة بالإنفاق عليها.
يعود إنشاء مدارس النيل لعام 2004 عندما أصدر أحمد نظيف، رئيس وزراء الحكومة في عهد المخلوع مبارك، قرارًا بالقانون رقم 61 لسنة 1963 بإنشاء مجلس الوزراء صندوقًا يسمى “صندوق تطوير التعليم” الذي من المفترض أن يهدف إلى تقديم المساندة والدعم المالي للمشروعات التي تسهم في حدمة العملية التعليمية، غير أن أموال الصندوق تم صرفها على مدارس لفئة معينة من الشعب، وهي الطبقة الثرية.
وتبلغ تكلفة تأسيس المدرسة الواحدة من مدارس 75 مليونًا؛ حيث ثقوم على مساحة 20 ألف م2، يوجد بها 42 فصلًا، مجهزة بملاعب وحمامات سباحة، وتتضمن مراحل التعليم المختلفة من رياض الأطفال وحتى نهاية المرحلة الثانوية.