انقسم الأقباط حول تخصيص ما يسمى بالكوتة فى البرلمان للأقباط فى مصر، ففى الوقت الذى شدد عدد منهم على تخصيص كوته للأقباط من 50 ل60 مقعدًا فى الانتخابات البرلمانية المقبلة، رفض آخرون هذا الأمر معتبرين أن الحديث عن كوته خاصة بالأقباط يعد منافيًا لتحقيق مبدأ المواطنة فى البلاد. وقال ممدوح رمزى، الناشط القبطى وعضو مجلس الشورى السابق، إن هناك إقصاء كبيرًا للأقباط خلال الفترة الحالية على عكس أيام حكم الرئيس المعزول مرسى، حيث قام بتعيين عدد منهم فى مجلس الشورى، موضحًا أن لجنة تعديل الدستور ألغت التعيين فى مجلس النواب كما ألغت مجلس الشورى واللذين كانا يعول عليهما الأقباط خلال أعمال الاقتراع والحياة السياسية فى البلاد. وأضاف رمزى أن اللجنة الحالية وبالتحديد النظام المؤقت الحالى يسعى إلى دولة "بلا أقباط"، مشددًا على أهمية مراعاة الأقباط خلال الفترة المقبلة عبر اقتراحين هما الكوتة من خلال تحديد من 50 إلى 60 مقعدًا فى البرلمان أو من خلال وجود ما يسمى بالمقعد القبطى الذي يعمل وفقًا له كل الدول العربية، مؤكدًا أهمية أن يراعى تلك الاقتراحات بدلا من السعى وراء أمور غير عادل بالمرة. وهدد رمزى بالتصويت على الاستفتاء الخاص بتعديلات الدستور ب"لا" فى ظل تعنت اللجنة فى مراعاة الأقباط، كما أكد وجود رغبة لدى الأقباط بمقاطعة الانتخابات البرلمانية أيضًا لعدم جدوى المشاركة فيها. وأكد جورج إسحاق، القيادى بجبهة الإنقاذ الوطنى، أن الحديث عن إقرار ما يسمى بنظام الكوتة للأقباط كلام فارغ وغير مقبول على الإطلاق، مؤكدًا أن نظام الكوتة ضد مبدأ المواطنة وأن جميع المصريين لهم كل الحقوق والواجبات ولا يوجد تمييز لأحد إلا على أساس الكفاءة وما يختاره المصريون وأن نظام الكوتة ينافى مبدأ تكافؤ الفرص بين المواطنين. وأضاف جورج أنه يرفض إقرار نظام الكوتة للأقباط والمرأة، مشيرًا إلى أن الحل هو تعديل قانون الانتخابات وإتاحة الفرصة للأقباط والمرأة من خلال إقرار النظام القائم واختيار بعضهم على رؤوس القوائم، موضحًا أن مسألة الكوتة غير متفق عليها من الأقباط أنفسهم. وأشار إلى أن هناك عدة مقترحات أن يكون هناك قائمة قومية يتفق عليها وتتنافس الأحزاب بتقديم مرشحين أقباط تنافس فيما بينهم.