كشفت دراسة أعدها الدكتور عادل عامر رئيس مركز "الجبهة للدراسات الاقتصادية والسياسية" عن المخطط الإسرائيلي الرامي للحصول على حصة من مياه نهر النيل، عبر محاولة التغول في دول المنابع، ومحاولة تحريضها على مصر والسودان لتقليص حصتيهما من المياه، إضافة إلى قيامها بسرقة المياه الجوفية، عبر حفر آبار بالقرب من منطقة الحدود المصرية. وأوضح أنه في الوقت الراهن هناك خمسة مشاريع أساسية يقوم عليها الإسرائيليون، الأول مشروع استغلال الآبار الجوفية من خلال قيام إسرائيل بحفر آبار جوفية بالقرب من الحدود المصرية، حيث ترى أن بإمكانها استغلال انحدار الطبقة التي يوجد فيها المخزون المائي صوب اتجاه صحراء النقب. واستند إلى ندوة لمهندسين مصريين كشفت أن إسرائيل تقوم بسرقة المياه الجوفية من سيناء وعلى عمق 800 متر من سطح الأرض، وتقرير أعدته لجنة الشئون العربية بمجلس الشعب المصري في يوليو 1991 م اتهم إسرائيل بأنها تعمدت خلال السنوات الماضية سرقة المياه الجوفية في سيناء عن طريق حفر آبار ارتوازية قادرة؛ وذلك باستخدام آليات حديثة على سحب المياه المصرية. أما المشروع الثاني فقد كشفه الكاتب الراحل كامل زهير في كتابه "النيل في خطر"، وهو مشروع اليشع كالي وهو مهندس إسرائيلي كان قد طرح في عهد السادات من خلال طلب تقدم به إلي الرئيس المصري الراحل شخصيا، وكان عبارة عن تخطيط دقيق لمشروع يقضي بنقل مياه النيل إلى إسرائيل، ونشر المشروع تحت عنوان (مياه السلام) والذي يتلخص في توسيع ترعة الإسماعيلية لزيادة تدفق المياه فيها، وتنقل هذه المياه عن طريق سحارة أسفل قناة السويس بعد اتفاقيات السلام لتنفيذ المشروع. والمشروع الثالث، هو مشروع يؤر الذي تبناه الخبير الإسرائيلي شاؤول أولوزوروف النائب السابق لمدير هيئة المياه الإسرائيلية وقدمه للرئيس أنو السادات مستغلا مباحثات كامب ديفيد وعملية السلام بين مصر وإسرائيل ويهدف إلى نقل مياه النيل إلى إسرائيل عبر شق ست قنوات تحت مياه قناة السويس، وبإمكان هذا المشروع نقل 1 مليار م3، لري صحراء النقب منها 150 مليون م3، لقطاع غزة، ويرى الخبراء اليهود أن وصول المياه إلى غزة يبقي أهلها رهينة المشروع الذي تستفيد منه إسرائيل. والمشروع الرابع هو المشروع الشهير "ترعة السلام" هو مشروع اقترحه السادات في حيفا عام 1979م، وقالت مجلة "أكتوبر" المصرية: "إن الرئيس السادات التفت إلى المختصين وطلب منهم عمل دراسة عملية كاملة لتوصيل مياه نهر النيل إلى مدينة القدس لتكون في متناول المترددين على المسجد الأقصى وكنيسة القيامة وحائط البراق". المشروع الخامس، هو مشروع سد "فيشا" –الذي بدأ العمل منذ عام 1984 وكان بمساعدة إسرائيل - بتمويل من بنك التنمية الأفريقي، وهو مشروع يؤثر على حصة مصر من مياه النيل بحوالي 0.5 مليار متر مكعب، وتدرس ثلاثة مشروعات أخرى يفترض أنها سوف تؤثر على مصر بمقدار 7 مليارات متر مكعب سنويًّا في الوقت الذي سوف تعاني فيه مصر عجز مائي بعد 7 سنوات فقط حوالي 15مليار متر مكعب. وأشارت الدراسة إلي أن إسرائيل تطمع في أن يكون لها بصورة غير مباشرة اليد الطولي في التأثير على حصة مياه النيل الواردة لمصر وبدرجة أقل السودان؛ وذلك كورقة ضغط على مصر للتسليم في النهاية بما تطلبه إسرائيل، بل إن للخبراء الصهاينة لغة في مخاطبة السلطات الإثيوبية تتلخص في ادعاء خبيث يقول أن حصص المياه التي تقررت لبلدان حوض النيل ليست عادلة؛ وذلك أنها تقررت في وقت سابق على استقلالهم، وأن إسرائيل كفيلة أن تقدم لهذه الدول التقنية التي تملكها من ترويض مجرى النيل وتوجيهه وفقاً لمصالحها". وفي هذا الإطار، تتوارد الأنباء والأخبار عن مساعدات إسرائيلية لإثيوبيا لإقامة السدود وغيرها من المنشآت التي تمكنها من السيطرة والتحكم في مياه النهر، بل تقدمت إسرائيل لإثيوبيا بعدة مشاريع وصلت لأكثر من 13 مشروعًا ما بين سدود وبنية تحتية وصلت لأكثر وصلت تكلفتها المبدئية أكثر من 7 مليار دولار، ولقد دأبت العواصم المعنية بدءًا من أديس أبابا مرورًا بالقاهرة وانتهاء بتل أبيب على نفي هذه الأنباء. والاحتمال الأرجح هو تورط إسرائيل بالمشاركة في مساعدة إثيوبيا في إنشاء السدود على النيل الأزرق، وهو ما يفسر المشكلة القائمة الآن بين مصر وإثيوبيا بسبب اتفاقية حوض النيل التي عقدت مؤخرا في شرم الشيخ. كما أكدت الدراسة أن إسرائيل تقدم إغراءات كبيرة لكينيا وصلت لتقديم معونة سنويا تصل إلى 500 مليون دولار سنويا وتسديد جميع ديونها بل وصل الأمر بإسرائيل برغبتها في تدعيم تلك الدول عسكريا حتى تكون على أتم الاستعداد إذا ما تطور الأمر وحدثت حرب. واختتمت الدراسة بالقول، إن إسرائيل كان لها الدور الأكبر في إحداث الوقيعة بين دول حوض النيل لتقليص حصة مصر والسودان البالغة 85 مليار متر مكعب، وأنه لن يهدأ لإسرائيل بال حتى يكون لها نصيب من حصة النيل، خاصة أن كتبهم تؤكد إن إسرائيل الكبرى تحتوي نهر النيل. وفي دراسة أخرى، كشفت الدكتورة بشرى سالم رئيس قسم علوم البيئة بجامعة الإسكندرية عن قيام إسرائيل بعمليات سحب من المياه الجوفية في سيناء بكميات كبيرة يوميا. وعن وضع المياه الجوفية في مصر، قالت إن هناك عمليات سحب كبيرة تحدث في الكثير من الأماكن لدرجة أن منسوب المياه الجوفية في بعض الأماكن انخفض لمسافة 10 أمتار تقريبا، وهذا يعنى وجود تهديد مباشر وصريح للمخزون الجوفي لمصر خاصة وأن كل الزراعات في المناطق الصحراوية تعتمد على هذه المياه الجوفية، الأمر الذي تسبب في نقص المنسوب وهو ما أثر على خصائص المياه وأصبحت جودتها أقل بسبب الملوحة الزائدة. وحذرت الدراسة من تحول مياه نهر النيل إلى مياه مالحة عند نقطة التقاء فرع رشيد بالبحر المتوسط بسبب دخول مياه البحر إلى فرع النيل.علي اعتبار كلما انحسرت المياه الجوفية ازدادت درجات الملوحة.
