رفضت الكنيسة الأرثوذكسية اقتراح بعض أعضاء الجمعية التأسيسية لصياغة الدستور، حول إخضاع أموال الكنيسة ومشاريعها الاقتصادية لرقابة الجهاز المركزى للمحاسبات، ووزارة التضامن الاجتماعى، أسوة بالمشاريع الاقتصادية للجيش، فيما طالبت بعض القيادات القبطية الدولة بتغيير اسم وزارة الأوقاف إلى وزارة الأديان؛ لتضم بداخلها الكنائس المصرية، ويتم تخصيص مبالغ لها مثل المساجد، وقالت إنه فى تلك الحالة فقط يحق للدولة الرقابة على أموال الكنيسة ومشاريعها الاقتصادية، الأمر الذى رفضه آخرون بحجة أن الكنيسة المصرية لها أسرارها الخاصة بها والتى لا يجوز للدولة التدخل فيها. وقال الأنبا باخوميوس، قائم مقام البابا، إن أموال الكنيسة أموال خاصة بها من أموال التبرعات، ولا تجوز مراقبة الدولة عليها، وأنه سيعقد اجتماعًا مع الأنبا بولا - ممثل الكنيسة باللجنة التأسيسية لإعداد الدستور- والمستشار إدوارد غالب، عضو لجنة القيد بانتخابات البابا؛ لبحث الأمر والرد عليه قانونيًا. وقال ممدوح رمزى، رئيس حركة "شركاء من أجل الوطن"، إن ذلك الأمر مرفوض شكلاً وموضوعًا، وذلك لكون أموال الكنيسة أموالاً خاصة بها، كما أنها لا تتقاضى من الدولة أى أموال، وبالتالى لا سلطان لها عليها فى أموالها ومشاريعها. وطالب رمزى الدولة بمعاملة الكنائس المصرية أسوة بالمساجد، وذلك بتغيير اسم وزارة الأوقاف إلى وزارة الأديان لتهتم بشئون الأديان المختلفة وليس الكنائس فقط، وتخصيص جزء من ميزانيتها إلى الكنائس، وأضاف: عندما يتحقق ذلك يكون من حق الدولة المراقبة على أموال الكنيسة، وإلى أن يحدث ذلك ليس لها أى حق فى ذلك. واتفق معه جمال أسعد، المفكر القبطى، وقال: أموال الكنيسة أموال خاصة لا تخضع للجهاز المركزى للمحاسبات، ولا تتحقق تلك الرقابة إلا بإنشاء وزارة للأديان تتخصص فى إدارة الأوقاف المسيحية والإسلامية، وتقوم بالصرف عليها.. وأضاف أنه فيما يخص أموال الكنائس فيجب ألا تجمع أى تبرعات من الداخل أو الخارج إلا بتصريح من وزارة الشئون الاجتماعية، وأن تلك التبرعات تقوم الكنيسة بالصرف منها على مرتبات الأساقفة والكهنة وعلى الفقراء.. وتابع قائلاً: بالرغم من صعوبة مراقبة الدولة على أموال الكنيسة بصفتها أموالا خاصة، ولكن يجب أن تخضع المشروعات التى تقوم بها الكنيسة حاليًا من مصانع وغيرها للدولة وأن تجمع الضرائب عليها، مشيرًا إلى أن دخول الكنيسة فى المجال التجارى بإنشائها مصانع وسوبر ماركت وغيرها لا يجوز من الناحية الدينية، وأن المسيح أنكر على اليهود ذلك. ومن جانبه، وصف رمسيس النجار، محامى الكنيسة، المطالبين بالمراقبة على أموال الكنيسة بقوله: إن هؤلاء لا يعلمون التاريخ المصرى، وأنه منذ قدوم الإسلام إلى مصر عام 1400 والكنيسة لا يملك أحد الرقابة على أموالها، وعدم تطرق الدساتير المتعاقبة على مصر إلى ذلك.. وأضاف أن الكنيسة المصرية لا تتدخل فى الشئون السياسية، ولم تتناول أى نظام بالمعارضة أو النقد ومن ثم ليس من حق الدولة الرقابة عليها وعلى أموالها، وأن ذلك يختلف مع وصايا الكتاب المقدس والذى نص على: إذا دفعت صدقة فلا تعلم شمالك ماذا تنفق يمينك. ورفض "رمسيس" ضم الكنائس المصرية إلى وزارة لشئون الأديان، وقال: نحن نرفض أن يكون هناك وزارة للأديان، وأن تدخل الكنيسة بأسرارها وأموالها فى علاقات مع الدولة، أو أى كيان سياسى، أو أن تخضع لأى جهة رقابية غير الرهبان والقساوسة.
