كانت محافظة سوهاج من أولى المحافظات المهمة المشهود لها في زراعة القطن، الذي كان يعتبر مصدرًا أساسيًا لدخل عدد كبير من الأسر على مستوى المحافظة، إلا أنه في الفترة الأخيرة تراجعت زراعة القطن وأصبح لا يمثل إلا جزءًا قليلًا من المساحات المزروعة. وأكد "عمر حنفي"، مزارع، أننا "كنا بنزرع القطن وكنا بنعتمد عليه في الدخل وكنا بنعمل الأفراح في موسم الجني لكن دلوقتي مفيش زراعة قطن وخصوصا أن في مزارعين اتسجنت بسبب الخساير اللي تعرضت ليها". وأضاف الحاج "محمود ماهر"، الحاصل على المركز الأول على مستوى المزارعين، أن زراعة القطن كانت توفر الكثير من فرص العمل للأسر الفقيرة، وتعينهم على مصروفات المعيشة، أما الآن فغالبية شباب القرى بلا عمل يقضون معظم أوقاتهم على المقاهي. وأوضح "خالد بدري"، مزارع، أن غالبية المزارعين اتجهوا إلى زراعة الخضر والفاكهة والحبوب التى لا تتطلب عمالة كثيفة وتحقق أرباحًا عالية، بالإضافة إلى اتجاه المزارعين إلى زراعة القمح لسد احتياجات الأسرة، خصوصًا مع ارتفاع تكلفة زراعة القطن وانخفاض الناتج. من جانبه صرح الدكتور "حسين عبد الرحمن"، أستاذ بكلية الزراعة جامعة سوهاج، بأن زراعة القطن شهدت في الآونة الأخيرة تراجعًا غير مسبوق؛ بسبب أحجام كثير من المزارعين عن زراعته لارتفاع تكلفة زراعته وتضاعف أسعار الأسمدة وزيادة تكلفة الأيدي العاملة في عملية الجني، بالإضافة إلى قلة العائد منه نتيجة تعرضه للإصابة بالحشرات. وأضاف أن إهمال الدولة في رعاية ومكافحة إصابة الزراعات؛ تسبب في قلة إنتاجية الفدان من محصول القطن، الأمر الذي كبد المزارع خسائر فادحة جعلته يتراجع عن زراعته. فيما أوضح "محمود كمال"، مهندس زراعي، أن المحافظة كانت تنتج القطن طويل التيلة في الوقت الذي تعتمد فيه المصانع على القطن متوسط وقصير التيلة؛ مما دعا المزارعين إلى بيع محصولهم بسعر أقل من سعره الحقيقي وتسبب لهم في خسائر. وطالب الدكتور خالد فرغلي، أستاذ بكلية الزراعة، المسئولين بمديرية الزراعة، بتوزيع أصناف القطن متوسط وقصير التيلة على المزارعين، واستلام المحصول منهم؛ حفاظًا على زراعة القطن من الانقراض، مشيرًا إلى أن محافظة سوهاج كانت تمثل أكثر من 40? من جملة الزراعات، ووصلت اليوم إلى أقل من 5? على مستوى المحافظة؛ بسبب إهمال الدولة له.