تلقى المجلس القومي لحقوق الإنسان في الآونة الأخيرة عددًا من الضربات التي تم توصيفها ممن يهمهم الأمر ب"الموجعة"، خاصة مع تقاربها الزمني. أخر تلك الأزمات، ما قامت به الجمعية العمومية لقسمي الفتوى والتشريع بمجلس الدولة، برئاسة يحيي دكروري، النائب الأول لرئيس مجلس الدولة، من إخضاعه لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات، وفقًا لما أكده مصطفى حسين، نائب رئيس مجلس الدولة ورئيس المكتب الفني. وجاء إخضاع المجلس للرقابة وفقًا لما نصت عليه المادة (1)، والمادة (2) من قانون الجهاز المركزي للمحاسبات الصادر بالقانون رقم (144) لسنة 1988 المعدل بالقانون رقم (157) لسنة 1998. ويهدف القانون سالف الذكر إلى تحقيق الرقابة على أموال الدولة وأموال الأشخاص العامة الأخرى وغيرها من الأشخاص المنصوص عليها فى هذا القانون. وتأتي الرقابة من باب أن القومي لحقوق الإنسان يتم تخصيص الجزء الأكبر من اعتماداته المالية من ميزانية الدولة وفقًا لنص المادة (12) من القانون رقم (94) لسنة 2003 بإنشاء القومى لحقوق الإنسان. زيارته للسجون بإذن أجرى وزير الداخلية، مجدي عبد الغفار تعديلاً على اللائحة الداخلية للسجون بمنع زيارة أي من أعضاء المجلس لحقوق الإنسان للسجون إلا بعد الحصول على موافقة مباشرة من النائب العام، والذي يتولاه حاليًا المستشار نبيل صادق. ويسمح التعديل لأعضاء المجلس بزيارة السجون وتفقد مرافقها وتلقى شكاوى المسجونين طبقا لأحكام المادة 73 من قانون تنظيم السجون ولكن بشروط. ومن هذه الشروط الحصول على أذن مسبق من النائب العام، محددًا به السجن المصرح بزيارته وأسماء الزائرين من الأعضاء بالإضافة إلى تقديم التسهيلات اللازمة لتنفيذ تلك الزيارات، وذلك في المواعيد التي تحددها إدارة السجن وخلال فترات العمل الرسمية. قتلك التعديلات والشروط أثارت غضب وحفيظة المهتمين بحقوق الإنسان، ومن بينهم أعضاء القومي لحقوق الإنسان، المرتبط القرار بهم بشكل مباشر، خاصة مع تعارض القرار مع سلطة المجلس في مراقبة الوضع الحقوقي. وأشار أعضاء المجلس إلى أن القرار يعوق دون مراقبة السجون بشكل جدٍ وموضوعي بالإضافة إلى كونه تعدي علي سلطة المجلس القومي لحقوق الإنسان. وأوضح أعضاء المجلس "أن الإذن المسبق يسمح بتعديل الأحوال داخل السجون وتحسينها قبل الزيارة وهو ما يفقد الزيارة معناها وهدفها المعدة لأجله مؤكدين إن الهدف من زيارة السجون، هو الوقوف على حقيقة الوضع فيها وتقديم تقارير للجهات المعنية بها تمهيدًا لإصلاحها وفقا لما تنص عليه مبادئ حقوق الإنسان ومواثيقها العالمية التي تعتبر مصر جزء منها. وتساءل الأعضاء: "كيف يمكن أخذ إذن من جهة مفترض أن الرقابة عليها مشيرًا إلى أن النائب العام والحكومة كيان واحد، خاصة أن أخذ إذن ليتم زيارة السجون يعني أن تلك الزيارة ستتحول من زيارات لها هدف إلى زيارات شكلية هدفها الشو الإعلامي فقط" . وأشار المجلس إلى أن الشروط التي وضعها وزير الداخلية مجحفة ولا تعني أن المجلس له الحق في المراقبة وإنما ترفع عنه صفة الرقابة علي الأوضاع الحقوقية، وهو ما يعني بقاء الأوضاع والانتهاكات كما هي في السجون المصرية. غياب القانون رغم انتهاء مدة المجلس الحالي، إلا أن عدم إقرار قانون المجلس القومي لحقوق الإنسان من قبل البرلمان يعوق دون تشكيل المجلس الجديد. وقانون المجلس القومي لحقوق الإنسان يحدد القانون آلية اختيار أعضاء المجلس القومي الجديد، كما أنه يؤكد أن القول الفصل فى تعيين أعضاء القومى لحقوق الإنسان للبرلمان. ويستند مقترح القانون الجديد إلى أن هناك ترشيحات ستطرح من بعض الجهات التى حددها المشروع ليكون القرار النهائى فى التشكيل لمجلس النواب. وأعلنت وزارة الشئون القانونية ومجلس النواب إنها بحثت آلية اختيار أعضاء المجلس فى ضوء مبادئ باريس بشكل لا يجعل للسلطة التنفيذية يد فى التعيينات. تصريحات منسوبة تناولت وسائل إعلامية تصريحات منسوبة لرئيس المجلس محمد فايق، خلال اجتماعه بلجنة الشئون الأفريقية داخل مجلس النواب، تتعلق بقضية الصحراء المغربية. وزعمت المواقع أن رئيس المجلس قال "القضية تمثل خلافا قويا بين الجزائر والمغرب التي تتشبث بتبعية الصحراء لها وتقف عقبة في طريق الاستفتاء على إقامة الدولة هناك والجزائر لديها نشاط أوسع وأقوى من المغرب في القارة وتدعم قيام الجمهورية الصحراوية". وأثارت تلك التصريحات أزمة إعلامية بين القاهرة والرباط، شنت على خلفيتها وسائل إعلام مغربية حملة ضد القومي لحقوق الإنسان. وقالت صحيفة "الأيام" المغربية، "إن فائق، وجه وبدون سابق إنذار، وبشكل يفتقد لأبجديات العمل الدبلوماسي ويضع العلاقات المصرية المغربية على كف عفريت، اتهاما مباشرا للمغرب بعرقلة إجراء الاستفتاء لحل النزاع بالصحراء". ومن جانبه، قال رئيس المجلس إن ما نشر في هذا الصدد غير صحيح، لافتًا إلى أنه لم يدل بحديث يتناول سياسات مصر في هذا الشأن. وشدد في بيان له تلقت "المصريون" نسخة منه على أن سياسة مصر الحكيمة ترتكز دائمًا على عدم التدخل في الشأن الداخلي لأية دولة وإنه يعتبر الأممالمتحدة والقانون الدولي المجال الأساسي لتناول أي قضية مختلف عليها بين الدول.