في محاولة لتحسين الأوضاع مع القارة السمراء, نظم الرئيس عبد الفتاح السيسي زيارات لعدد من الدول الأفريقية التقى فيها قادة السودان ورواندا والكونغو والصومال وغانا وتوجو. وخلال زيارته الأخيرة لرواندا قال الرئيس السيسي، إنه لا بديل عن الأخذ بنموذج التكامل والاندماج الإقليمي في قارة أفريقيا، لأن تنمية اقتصاديات الدول الأفريقية تحتاج لتنسيق الجهود على المستويين الإقليمي والقاري، وتنفيذ خطط محددة تنعكس بالإيجاب على جاذبية أسواق القارة. وأكد أن مصر توشك على الانتهاء من مفاوضات إقامة منطقة التجارة الحرة الأفريقية، والبناء على نجاح القمة الثالثة للتجمعات الاقتصادية الثلاثة وهى "الكوميسا، السادك، تجمع شرق أفريقيا"، التي انعقدت بشرم الشيخ، في يونيو 2015. في هذا السياق ، أكد عدد من الخبراء أن زيارات الرئيس عبد الفتاح السيسي لدول القارة السمراء، محاولة لتحسين موقف مصر الضعيف في أفريقيا. وقال حمدي عبد الرحمن حسن، مؤسس برنامج الدراسات المصرية الأفريقية بجامعة القاهرة، إن زيارة الرئيس عبد الفتاح السيسي لبعض الدول الأفريقية، ما هي إلا محاولة منه لتحسين موقف مصر المتخاذل والضعيف في أفريقيا، خاصة بعد إصرار إثيوبيا على بناء السد. وأكد "حسن" في تصريحات خاصة، أن الرئيس يبحث عن حل لمشكلة المياه التي ستلاحق مصر خلال الأعوام القادمة، بسبب السدود الأفريقية الجديدة، مشيرًا إلى أن العلاقات إذا تحسنت بين مصر والقارة السمراء ستتحسن أمور المياه في مصر. فيما قال السفير أحمد القوسينى، إن زيارة الرئيس عبد الفتاح السيسي لبعض الدول الأفريقية من أجل المياه، و محاولة جيدة من أجل تحسين الأوضاع السياسية بين مصر والقارة الأفريقية، وهذا سوف يأتي بالخير على مصر خاصة فيما يتعلق بالمياه. وأشار القوسينى، إلى أن الرئيس ركز في زيارته على اتفاقيات اقتصادية, مؤكدًا أن أفريقيا بها خيرات كثيرة وعلى مصر الاستفادة منها. في السياق ذاته، قال حسنى السيد، الخبير السياسي، إن زيارة الرئيس السيسي لأفريقيا الغرض منها مياه النيل والعجز الذي ستتعرض له مصر بسبب سد النهضة الإثيوبي, وتلك الزيارات هي مجرد وساطة. وأكد "السيد"، أن إثيوبيا مصرّة على موقفها من بناء السد على الرغم من الأضرار التي ستلاحق مصر, والأمل الوحيد هنا هو تحسين العلاقات المصرية الأفريقية. يذكر أن الرئيس عبد الفتاح السيسي نظم عدة زيارات لدول أفريقية, كان آخرها.. رواندا 17يوليو2016 " كيجالي" هي آخر محطة أفريقية برواندا وصل إليها الرئيس السيسى في واحدة من زياراته للمشاركة في القمة الأفريقية ال27 . قمة " كإيجالي" الأفريقية شارك فيها الرئيس وافتتحها تحت شعار "2016 العام الأفريقي لحقوق الإنسان" ركزت على حقوق المرأة وتتناول تقييم وضع حقوق الإنسان في أفريقيا وتحديد ما ينبغي القيام به لبناء ثقافة احترام حقوق الإنسان بالقارة واستكشاف أفضل سبل مواجهة تحديات حقوق الإنسان، بالإضافة إلى بحث تمويل أنشطة الاتحاد الأفريقي وتعزيز موارد تنفيذ مشروعات الاتحاد ومن المقرر أن يلتقي قادة أفريقيا المشاركين فى القمة لمناقشة اتفاقية لإنشاء منطقة التجارة الحرة الأفريقية. إثيوبيا 30 يناير 2016 زار الرئيس عبد الفتاح السيسي، إثيوبيا لحضور القمة الأفريقية ال26 والتي أكد فيها أن مصر ستواصل العمل مع الدول الأفريقية الشقيقة، ومن خلال منظمتنا العريقة، لضمان توافر الموارد اللازمة لتنفيذ برامج ومشروعات التنمية الاقتصادية والاجتماعية وإنجاز رؤية أفريقيا 2063 كقارة مزدهرة تنعم بالأمن والاستقرار وتضطلع بدورها كقوة مؤثرة على الساحة الدولية. السودان 2 يونيو 2015 وفى الثاني من يونيو عام 2015, ذهب الرئيس عبد الفتاح السيسي للسودان لتهنئة الرئيس السوداني عمر البشير بفوزه في الانتخابات الرئاسية.
