بعد رحيل البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، البابا رقم 117 في تاريخ الكنيسة الأرثوذكسية، تدور التساؤلات حول المرشح لخلافته على الكرسي الباباوي، وتشير أغلب الترجيحات الكنسية إلى أن المقعد سيذهب إلى واحد من ثلاثة، هم الأنبا بيشوي، والأنبا موسى والأنبا يؤانس، إلا إذا ما حدثت مفاجآت. الأنبا بيشوي، على الرغم من قوته وسيطرته السابقه التي أهلته لأن يكون الأقرب للكرسى البابوي، حيث يشغل منصب سكرتير المجمع المقدس، إلا أن أسهمه تراجعت بشدة بعد حواره مع إحدى الصحف اليومية، الذي وصف فيه المسلمين بالضيوف فى مصر، وأن الأقباط أهل البلد، وما تبع ذلك من انتقادات وخلافات، دفعت البابا شنودة إلى الظهور على التلفزيون المصرى ليقدم اعتذاره عن أقوال بيشوى. وبيشوى كان طبيبا، وقبل أن يكمل الثلاثين من العمر رشحه البابا شنودة أسقفا علي مدينتين دفعة واحدة، وهما دمياط وكفر الشيخ فى 1979 ليكون أسقفا فى نفس العام، وتولى منصب سكرتير المجمع المقدس عام 1985 عقب غضب البابا على الراحل الأنبا يؤانس السكرتير السابق وأسقف الغربية بسبب قبوله الانضمام إلي اللجنة الخماسية التي شكلها الرئيس السادات لإدارة شؤون الكنيسة، أواخر حكمه، وعقب قيام السادات بتحديد إقامة البابا شنودة فى دير الأنبا بيشوى بوادي النطرون. أما الأقرب للقب حاليا، فهو الأنبا موسى، أسقف الشباب الذي تميل لاختياره عناصر كثيرة من القوى السياسية والحركات الشبابية القبطية؛ لما يتمتع به من انفتاح على جميع ألوان الطيف السياسي في مصر، كما أنه من المرشحين لتمثيل الكنيسة فى اللجنة التأسيسية لإعداد الدستور، ويدير حاليا شؤون الكاتدرائية، ولكن ربما تقف أصول الأنبا موسي البروتستانتية حائلا دون وصوله للكرسي المرقسي، حيث كان يعتنق المذهب البروتستانتي قبل أن يعتنق المذهب الأرثوذكسي على يد الأنبا أثناسيوس مطران بني سويف. الأنبا يوأنس ثالث المرشحين، ويرى كثيرون أنه الأقرب لكونه أحد الرجال الأقوياء داخل المجمع المقدس، بالإضافة إلى أنه سكرتير البابا وأحد أكثر الأساقفة المقربين إليه. ويذكر المقربون من يوأنس أن العذراء ظهرت له وقالت: «أنت البابا القادم وأن البابا لن يموت قبل مرور15 عاما على رهبنته»،وهي مدة الرهبنة اللازم مرورها للترشيح لمنصب البابا، ومن المعروف أن الأنبا يؤانس يتمتع بتاييد جارف من أساقفة الصعيد؛ مما يؤهله للترشيح، بالإضافة إلى حصاد أصوات المجمع الانتخابى للاقباط. يذكر أن قانون انتخاب البابا صدر عام 1957، وتنص لائحته على قيد الناخبين الذين يحق لهم التصويت في كشوف، وهم أعضاء المجمع المقدس المكون من الأساقفة على مستوى الجمهورية وعددهم 74، إضافة إلى 12 مطرانا و39 أسقفًا لأبرشيات و9 رؤساء أديرة، إلى جانب أساقفة المهجر، وعددهم 15 أسقفًا، ويضاف إلى هؤلاء الأراخنة «وجهاء الأقباط»،حيث يتم اختيار 12 من الأراخنة من كل مطرانية، وهو ما يعني أن عدد من سوف يختارون البابا القادم لن يتجاوز الألفي ناخب على الرغم من وجود 10 ملايين مسيحى مصرى بحسب تقديرات الكنيسة. أما بالنسبة لمن له حق الترشيح لمنصب البابا، فإن القانون يقصر الترشيح علي الرهبان فقط، وأن لا تقل سن المرشح عن 40 عاما، ويمنع القانون ترشيح الأساقفة، مع استثناء الأساقفة العامين، ويتم تصويت أعضاء المجمع المقدس على المرشحين، على أن تجري قرعة بين أكثر ثلاثة مرشحين حصولا على الأصوات لاختيار أحدهم، ثم يصدر مرسوم جمهوري باعتماد الفائز كبابا لكنيسة الإسكندرية وبطريرك للكرازة المرقسية.
