حرص البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية علي حسم الجدل الدائر داخل الكنيسة الأيام الأخيرة بشأن شائعات وفاته ومساعي سكرتيره الخاص الأنبا يوأنس لخلافته، باصطحاب الأنبا يوأنس في كل مكان برحلته للإسكندرية. استقبل البابا أعضاء المجلس الملي السكندري وكهنة الإسكندرية ويخص رجال الاكليروس بمظاهرة تأييد له في أول ظهور له بعد شائعات وفاته، وافتتح البابا المسرح الكنسي بالمقر الباباوي قبل إلقاء عظته الأسبوعية هناك. وكشف د.كميل صديق وكيل المجلس الملي أن البابا شنودة التقي فور وصوله الإسكندرية أعضاء المجلس الملي وأكد لهم أنه بصحة جيدة، وبعدها ناقش بعض الجوانب الإدارية الكنسية الإسكندرية. وأوضح صديق أن البابا رد علي شائعة وفاته وأكد عدم صحة ما يتداول بوجود محاكمة للأنبا يوأنس سكرتيره الخاص الذي يتمتع بعلاقة وطيدة معه والذي حرص أن يكون عن يمينه في كل مكان يذهب إليه. في رسالة للرد علي شائعات خلافة السكرتير للبطريرك. ولفت صديق إلي أنه تقابل مع الأنبا يوأنس لمعرفة تفاصيل الشائعة فقال له "الموضوع انتهي"، مشيرًا إلي أن الأنبا يوأنس نجح في زيارته لأمريكا بتكليف من البابا شنودة. الأنبا يوأنس واجه شائعة منظمة بالكنيسة بأنه سيخلف البابا شنودة علي كرسي البطريرك رغم أنه مازال علي قيد الحياة، كمحاولة لحرق صورته أمام الأقباط في حالة ترشيحه علي الكرسي الباباوي بما يشكل تكتلاً ضد يوأنس يحجم نفوذه بالكنيسة. وعكست الأزمة الأخيرة بالكنيسة صراعًا حادًا بين الأساقفة حول الشخصية التي ستخلف البابا، كما أن حقيقة ما جري في الفترة الأخيرة يعلمه البابا والأنبا يوأنس جيدًا بعد أن جلسا سويًا الأربعاء الماضي لمدة ساعة كاملة قبل عظة البابا الأسبوعية وبعد عودة يوأنس من أمريكا. وحسب مصادر داخلية بالكنيسة فإن الحملة ضد يوأنس يقودها مجموعة طالتهم الشائعات بأنهم يسعون للخلافة أيضًا وأقرب هذه الأسماء سكرتير المجمع المقدس الأنبا بيشوي وسكرتير البابا الأنبا أرميا الذي استشاط غضبًا بعد اختيار شنودة ليوأنس للسفر لأمريكا أثناء زيارة الرئيس مبارك الأسبوع الماضي. يأتي ذلك في وقت يعد فيه الأنبا يوأنس أقرب الأساقفة للبابا فهو المسئول عن اعداد التقارير التي تقدم إليه وعرض الشكاوي عليه بصفة دورية والمسئول أيضًا عن متابعة الحالة الصحية وعلاج البابا، هذا بالإضافة إلي شخصية يوأنس الهادئة المقبولة من شعب الكنيسة والأساقفة ولكن الآن يخضع في النهاية للائحة انتخاب البطريرك والتي تحتكم في النهاية للقرعة واختيار شخص واحد من ثلاثة يحصلون علي الأصوات.