كانت محاكمة الإخوان إثر حادث المنشية أولى المحاكمات التي طالت التنظيم، عقب تعرض الرئيس الراحل جمال عبدالناصر إلى محاولة اغتيال في حادث المنشية الشهير بالإسكندرية، حيث اتهمت السلطة الجماعة بتنفيذ العملية. بدأت القضية في 9 نوفمبر 1954 بإلقاء القبض على العديد من عناصر جماعة الإخوان المسلمين، صدرت ضدهم جميعا أحكام بالسجن، بدأت من عشر سنوات إلى الأشغال الشاقة المؤبدة، إلا أن أبرز الأحكام كانت الإعدام بحق 7 من قيادات الجماعة؛ هم كل من محمود عبداللطيف، ويوسف طلعت، وإبراهيم الطيب، وهنداوي دوير، ومحمد فرغلي، وعبدالقادر عودة، والمرشد العام وقتها حسن الهضيبي الذي خُفف عنه الحكم لاحقا إلى الأشغال الشاقة المؤبدة. نُظرت القضية أمام ما سمي آنذاك بمحكمة الشعب ذات الطبيعة العسكرية، برئاسة صلاح سالم وعضوية كل من حسين الشافعي وأنور السادات، وأصدرت أحكامها «زي النهارده» في الرابع من ديسمبر 1954 أي بعد أقل من شهر على بدء القضية التي نال فيها محمد مهدي عاكف، المرشد العام السابق للجماعة، حكما بالسجن المؤبد مع الأشغال الشاقة قضى منها 20 عاما، قبل أن يتم الإفراج عنه عام 1974 في عهد الرئيس السادات. ولم تكن هذه هي المحاكمة الوحيدة التي تعرض لها الإخوان في عهد عبدالناصر، وإنما كانت هناك محاكمة أخرى جرت وقائعها في عام 1965، والتي اتهم فيها مئات الإخوان بمحاولة إعادة إحياء التنظيم، كان في مقدمتهم المفكر الإسلامي الشهير سيد قطب الذي حكم عليه بالإعدام هو ويوسف هواش وعبدالفتاح إسماعيل، وتم تنفيذ الحكم بحقهم الصادر من محكمة عسكرية عام 1966، كما حُكم بالإعدام على سبعة آخرين خُفف عنهم الحكم إلى المؤبد، كما صدرت أحكام بحق باقي المتهمين، بدأت من عشر سنوات حتى الأشغال الشاقة المؤبدة. غير أن نشاط الجماعة الذي اختلطت فيه الدعوة بالسياسة دفع بعدد من قياداتهم وكوادرهم المهمين إلى السجون حتى قبل عهد عبدالناصر، إذ كانوا ندا دينيا وسياسيا للنظام منذ محاولة دخول حسن البنا البرلمان، مرورا بمشاركتهم في حرب فلسطين ومن بعدها الاغتيالات التي قام بها نظامهم السرى كاغتيال الخازندار والنقراشي، الذي تعرض الإخوان بعد اغتياله لحملة اعتقالات واسعة، أما في عهد الرئيس السادات فقد كان هناك ما يصفه الخبراء ب«شهر عسل» بين الإخوان والنظام، غير أن الملاحقات والمحاكمات تجددت وتعددت بدءا من عام 1995.
