أثار ظهور اللواء محمد رأفت شحاتة رئاسة جهاز المخابرات العامة، وهو يؤدى القسم أمام الدكتور محمد مرسى واضعا يده على المصحف الشريف جدلا على مواقع التواصل الاجتماعى الجدل أثاره إعلان رئاسة الجمهورية نص القسم، الذى يختلف عن نص قسم الرئيس وقسم الوزراء، وأصبح السؤال الأبرز: هل هذا القسم جديد؟ .. أم أنه قسم رئيس المخابرات، الذى لم يكن معلنا من قبل؟. وينص القسم الجديد على: "أقسم بالله العظيم، وبكتابه هذا، أن أكون مخلصًا لجمهورية مصر العربية، مؤمنًا بمبادئها وأن أعمل جاهدًا علي تحقيق أهدافها وخدمة شعبها، وأن يكون ولائي كاملًا لرئيس الجمهورية ولجهاز المخابرات العامة، محافظًا علي أسرار العمل في الجهاز وخارجه، متعاونًا مع رؤسائي ومرءوسي مضحيًا بكل ما أملك لرفعة هذا الجهاز محافظًا علي سلامته بروحي ودمي والله ولينا وضميرنا والتفاني رائدنا والكتمان وسيلتنا والله علي ما أقول شهيد ". اللواء عادل سليمان، الخبير الإستراتيجى، رئيس مركز دراسات المستقبل، قال إن قسم المخابرات العامة، الذى تم نشره أمس، قسم جديد وهذه هى المرة الأولى التى يتم فيها استخدامه، وإنه تمت صياغته بما يتماشى مع مهمة رئيس المخابرات العامة. وأضاف أنه تفاجأ بوضع صيغة منفردة لهذا القسم، مشيرا إلى أن القسم القديم لرئيس المخابرات العامة، كان هو القسم نفسه الذى يُقسمه الوزراء والمحافظون، على أساس أن الدرجة الوظيفية لرئيس المخابرات العامة توازي درجة الوزير أو المحافظ. وعقب سليمان على عبارة "أن يكون ولائي كاملا لرئيس الجمهورية" قائلا: "هذه العبارة تم وضعها طبقا للقانون رقم 100 لعام 1971"، الذى ينص على أن المخابرات العامة تتبع رئيس الجمهورية تبعية مباشرة، وأن رئيس المخابرات يُكلف بشكل مباشر بالمهام من قبل رئيس الجمهورية. ونفى أن يكون القسم على المصحف، الذى ورد فى بداية القسم "أقسم بالله العظيم، وبكتابه هذا" مقصودا به الصبغة الإسلامية، مشيرا إلى أن هذا معتاد فى العديد من الدول، فمثلا فى الولاياتالمتحدةالأمريكية يكون القسم على كتاب الدستور الأمريكى، وفى دول أخرى يتم القسم على الإنجيل (الكتاب المقدس فى الديانة المسيحية). من جانبه، أشار اللواء سامح سيف اليزل، رئيس مركز الجمهورية للدراسات السياسية والإستراتيجية، إلى أنها المرة الأولى التى يتم فيها الإعلان عن قسم رئيس المخابرات، وبصيغة جديدة مختلفة عن القسم القديم، مضيفا: "وإن كان بند الولاء الكامل لرئيس الجمهورية، موجودا فى القسم للمحافظين والوزراء وخريجي الكليات العسكرية". واختلف سيف اليزل مع اللواء عادل سليمان، حول أن ظهور اللواء محمد شحاتة الرئيس الجديد للمخابرات العامة وهو يقسم على المصحف الشريف مصاحبا لجملة "أقسم بالله العظيم، وبكتابه هذا"، مؤكدا أنه ليس أمرا عاديا، ومعتبرا أن المقصود من ذلك " إضفاء الصبغة الإسلامية على الدولة، حسب تعبيره. وتوقع سيف اليزل، أن يتم تغيير قسم المحافظين والوزراء فى المرحلة المقبلة بما يتماشى مع" الصبغة الدينية الإخوانية"، على حد قوله. من جانبه أشار الدكتور محمد قدرى سعيد، رئيس وحدة الدراسات الأمنية والعسكرية بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية، إلى أن القَسم على المصحف، الذى ذكر فى القسم الجديد للمخابرات العامة تقليد جديد، والمغزى منه أن الدولة تتخذ لنفسها اتجاها دينيا، وأن يؤكد أصحاب الوظائف الحساسة فى الدولة الولاء لله ولرئيس الجمهورية، على حد قوله.